Toni je u Bayern stigao 2007. godine, a već u prvoj sezoni je zabljesnuo i postao vodeći golgeter prvenstva. Solidan je bio i u svojoj drugoj sezoni na Allianz Areni, koju je okončao s 14 golova u Bundesligi iz 25 nastupa. Međutim, dolaskom nizozemskog trenera Louisa van Gaala Toni je izgubio mjesto u momčadi, a i vukao je iz prethodne sezone ozljedu Ahilove tetive, zbog koje je propustio dio nastupa.
Kada se Toni napokon oporavio od ozljede, Van Gaal mu opet nije pružao priliku. Čak ga je aktivirao u rezervnoj momčadi, a kada je Toni tijekom jedne utakmice prvog sastava u kojoj nije igrao napustio stadion usred dvoboja, strogi nizozemski trener ga je definitivno otpisao.
U zimskom prijelaznom roku prešao je u Romu, u kojoj je dosad postigao pet pogodaka. Kaže da bi volio ostati član ''vučice'' i sljedeće sezone. Ugovor s Bayernom ima do kraja iduće sezone.
- Imam veliku želju ostati u Romi i igrati u Ligi prvaka sljedeće sezone. Međutim, realizacija moje želje, nažalost, ne ovisi o meni, nego o Bayernu i Romi koji bi trebali dogovoriti takav scenarij – izjavio je 32-godišnji talijanski napadač.