Rodom iz Kushira na otoku Hokkaidu, Satoshi Kon studirao je slikarstvo, a u svijet manga i anima ušao je kao asistent velikana Katsushira Otoma, autora "Akire", čiji je utjecaj bio vidljiv u Satoshijevim djelima.
Počeo je i pisati scenarije, a kao redatelj debitirao je filmom "Perfect Blue" iz 1997., koji je ispao toliko kvalitetan da je na polovici rada na filmu odlučeno da ne ide ravno na video nego u kinoprikazivanje. U svim svojim filmovima (osim krimi-priče "Tokyo Godfathers") bavio se pomicanjem granica između stvarnosti i snova te preispitivanjem ispreplitanja jave i sna.
Uz uobičajeni anime-repertoar zgodnih curica, emotivnih robota, futurističkih gradskih prizora i iskazivanja fascinacije kreativnom i destruktivnom moći tehnologije, njegova djela oblikovale su umjetničke, likovne i sineastičke tradicije daleko šire od suvremene japanske pop-kulture.
Nagla smrt toga iznimnog umjetnika, koji je svoj zadnji film "Paprika" dovršio 2006., ožalostila je ne samo ljubitelje anime-žanra, nego i sve štovatelje kvalitetnoga umjetničkoj izražaja u bilo kojoj formi.
Njegovo zadnje (nedovršeno?) djelo, film "Yume-Miru Kikai" ("Stroj za snove"), "film ceste u kojem su svi junaci roboti" namijenjen mlađoj publici, trebalo bi se naći u kinima 2011.