Kada je u ljeto 2012. godine Bayern objavio da je kupio Marija Mandžukića, mnogi su bili začuđeni tom odlukom. Pogotovo se to odnosi na Nijemce koji u Mariju nisu vidjeli pravi potencijal. Još im je u sjećanju bilo da je prilikom dolaska u Wolfsburg (u ljeto 2010.) sve do ožujka čekao prvi prvenstveni pogodak. Proglašavali su ga tada najgorim pojačanjem, a Mario je šutio i radio te se izborio za veliki transfer.
Iskoristio priliku
U Bayern je došao na mala vrata, svi su ga vidjeli kao zamjenu za Marija Gomeza, kao čovjeka koji će igrati u kupu, a u velikim utakmicama dobivati mrvice. No, tvrdoglavi Slavonac nije se želio složiti s tim pa si je postavio cilj: "Dokazat ću im da zaslužujem biti u jednom od najvećih klubova svijeta", govorio je tada Mandžo.
Na početku mu je pomogla i sreća jer se ozlijedio Gomez i Mandžo je odmah dobio priliku. I iskoristio ju! Već na prvoj službenoj utakmici golom i odličnom (pred)asistencijom sudjelovao je u pobjedi protiv Borussije i osvajanju Superkupa. Nakon toga, Mario je iz utakmice u utakmicu igrao sve bolje, mjesto u početnom sastavu nije ispuštao, a već u prvoj sezoni osvojio je sve što se osvojiti dalo.
- Svaki napadač na svijetu trebao bi se ugledati na Mandžukića. Nikad u životu nisam vidio napadača s tolikim radijusom kretanja, nevjerojatno je koliko puno pretrči za vrijeme utakmice te koliko radi za momčad. Puno odradi u defenzivi, oduzme dosta lopti i još stigne zabiti. Sretan sam što ga imamo, govorio je tada njegov suigrač Franck Ribery.
No, nakon prve sezone, koja je bila idilična, došli su i prvi problemi. Klub je napustio Jupp Heynckes, a došao je Pep Guardiola. Već na prvim treninzima vidjelo se da njihova suradnja neće biti dobra, a Bild je pisao o sukobima. Govorilo se kako će Mandžo već to ljeto napustiti klub, ali on se opet nije dao. U početku je ulazio s klupe, ali je stalno zabijao pa je Pepa natjerao da mu da veću minutažu. Nemilice je u tom razdoblju tresao mreže pa je natjerao i Guardiolu da nevoljko kaže:
- Mandžukić je najbolji napadač na svijetu. U igri glavom nema mu ravnog.
Mario - čovjek za trofeje
Ipak, Guardiolin ego, o kojem je puno pisao Zlatan Ibrahimović u svojoj autobiografiji, morao se zadovoljiti pa je na neki način provocirao hrvatskog reprezentativca. Čudnim odlukama u Mariju je probudio bunt, a poznato je da Mandži ne treba puno povoda da eksplodira. Prvi veliki sukob dogodio se krajem siječnja kada ga je Guardiola izbacio iz momčadi, ali to se brzo riješilo jer je uvidio da ga treba u vrhuncu sezone. Drugi put, eto, dogodilo se jučer. U trenutku kada je sezona završena, a kada već ima asa u rukavu. Naime, na ljeto mu dolazi Lewandowski, a ovime je Mandži jasno poručio da mu više ne treba. Tako će sasvim sigurno doći do rastanka između Super Marija i Bayerna, ali hrvatski reprezentativac ne treba žaliti. U Münchenu je proveo dvije prekrasne godine, osvojio je dva prvenstva Njemačke, kup, njemački i europski superkup, Svjetsko klupsko prvenstvo, a što je najvažnije i Ligu prvaka. Uz to, u 88 utakmica zabio je 48 pogodaka i upisao 14 asistencija, a postao je i prava zvijezda. Ako se prije dvije godine za njega nije znalo, danas je jedan od najtraženijih igrača svijeta. Mario može birati klub, zainteresiranih ima mnogo, a pred njim su slatke brige. U svakom slučaju, iz Bayerna odlazi kao veliki pobjednik!
>>Ne razumijem Guardiolu, ali očito se dogodilo nešto za što mi ne znamo!
>>Guardiola poručio Mandži: Sretno u novom klubu...
>>Hargreaves: Mandžukić će otići, a bio bi pojačanje za Chelsea ili Arsenal
Mandzo nije zasluzio ovakav tretman ovog bahatog pepa