Prvu veliku ozljedu koljena doživio je na Svjetskom prvenstvu u Francuskoj 1998. godine. Četiri godine kasnije nije putovao u Japan i Južnu Koreju zbog ozljede lijevog stopala, a u Njemačkoj 2006. godine, kada su Talijani postali svjetski prvaci, ozlijedio je mišić noge.
Ove se godine očekivalo da će nastupiti na Svjetskom prvenstvu u Južnoafričkoj Republici, ali onda mu se dogodila teška ozljeda desnog koljena.
Operiran je u ponedjeljak u rimskoj klinici Villa Stuart te i dalje stoji da ove sezone više neće igrati, kao ni na lipanjsko-srpanjskom Svjetskom prvenstvu. Ipak, malo pozitivnog duha Nesti je vratio Pier Paolo Mariani, liječnik iz te klinike.
- Nesta je veliki profesionalac i borac. Nije izgubio niti malo snage nakon ove teške ozljede. Mogu tek reći da bi za mjesec dana mogao obavljati određene fizičke vježbe. Povratak? Rano je o tome govoriti, ali moglo bi se dogoditi ranije od očekivanog. Pametniji ćemo biti za, recimo, dva mjeseca - rekao je Mariani.