U sjeni izbora za vrh stranke 28. svibnja ostali su izbori za županijske organizacije HDZ-a koji će se provesti najkasnije do 15. svibnja, a čiji čelnici imaju stvarnu kontrolu nad HDZ-ovim terenom. Županijski šefovi često su moćniji od, primjerice, članova Predsjedništva HDZ-a (onih koji nisu i lokalni šefovi) jer upravljaju širokom bazom.
Iako u dobrom dijelu županijskih organizacija predsjednici neće imati protukandidate, kao vrlo vjerojatno Božidar Kalmeta u Zadarskoj županiji ili Josip Đakić u Virovitičko-podravskoj, u nekim županijama dolazi do smjena vodstva jer se aktualni šefovi neće ponovno natjecati za tu funkciju. Sadašnje kandidature su neformalne jer će službene biti poznate tek 48 sati prije izbornih Skupština za županijske organizacije, a odabrali smo nekolicinu županijskih organizacija u kojima se očekuju napeti izbori.
Tako se jedan od zanimljivijih okršaja očekuje u vukovarsko-srijemskom HDZ-u, odakle se povlači dosadašnji šef Božo Galić, župan vukovarsko-srijemski. Trojica su protukandidata – Josip Šarić (dugogodišnji gradonačelnik Otoka koji ima potporu glavnog tajnika HDZ-a Milijana Brkića), Dražen Milinković (šef Vinkovačkog vodovoda i kanalizacije koji ima potporu Tomislava Čuljka, političkog tajnika HDZ-a) te Marinko Beljo (predstojnik Ureda župana Bože Galića koji ima Galićevu potporu).
Budući da su trojica kandidata u igri, očito je da prevlast u vukovarsko-srijemskom HDZ-u žele tri struje. Vjerojatno će glavni sraz biti između Šarića i Milinkovića. Šarić, koji je u četiri mandata uspješni načelnik, tj gradonačelnik Otoka, dragovoljac je Domovinskog rata i pripadnik Tigrova te u borbi za županijski HDZ ima potporu Vukovaraca dok je Milinković pripadnik vinkovačke struje i izbor vinkovačkog HDZ-a za novog županijskog šefa.
Zanimljiva politička bitka vodit će se i u šibensko-kninskom HDZ-u, gdje su kandidati Goran Pauk, župan šibensko-kninski, te Ante Kulušić, bivši šef šibensko-kninskog HDZ-a koji je podnio ostavku na tu funkciju nakon što nije bio na listi za Sabor na proteklim parlamentarnim izborima. Nagađa se i o kandidaturi Nediljka Dujića, aktualnog šefa šibensko-kninskog HDZ-a koji je zamijenio Kulušića. Nakon što je podnio ostavku, Kulušić je to što nije na listi zamjerio utjecajnoj kninskoj HDZ-ovki Josipi Rimac, iako su informacije iz vrha HDZ-a tada govorile da mu je središnjica zamjerila odnose u Hrvatskom nogometnom savezu, gdje je član izvršnog odbora. Bit će zanimljivo vidjeti ima li se Kulušić snage vratiti na čelo županijskog HDZ-a ili će se potvrditi da tu organizaciju kontrolira Josipa Rimac. Za HDZ Splitsko-dalmatinske županije kandidati su aktualni predsjednik Ante Sanader i potpredsjednik Sabora te župan te županije Zatko Ževrnja.
Za ponovnog šefa HDZ-a Zagrebačke županije neće se kandidirati Dražen Bošnjaković, pa se nagađa o čak četiri kandidata za tu funkciju. Među njima su Marica Mikec, dugogodišnja tajnica te županijske organizacije, zatim Damir Mikuljan, bivše šef Skupštine Zagrebačke županije, Mirko Matić, jedan od utemeljitelja i bivši dožupan Zagrebačke županije te velikogorički gradonačelnik i saborski zastupnik Dražen Barišić, koji je u subotu ponovno izabran za predsjednika goričkoga HDZ-a.