Nakon razornih poplava koje su pogodile sjevernu Hercegovinu, osim ljudskih žrtava i uništenih naselja, prijeti i velika ekološka katastrofa. Rijekom Neretvom plutaju ogromne količine smeća – plastika, građevinski otpad, gume i kućanski aparati – koji bi uskoro mogli završiti u donjem toku rijeke i u Jadranskom moru. Trenutno se taj otpad zaustavlja na brani hidroelektrane Grabovica, no zbog sigurnosti brana će se možda morati podignuti, što bi omogućilo otpadu da nesmetano nastavi prema moru. Pretpostavlja se da će dio otpada ostati zarobljen na obalama u trstiku i šašu, kao što se događa za vrijeme visokih vodostaja, no ovo je izvanredna situacija, a posljedice su nepredvidive.
Rijeka Neretva, koja je nekad bila poznata po svojoj modrozelenoj boji, sada je smeđa i moglo bi proći tjednima prije nego se izbistri. Ekološke organizacije su nemoćne jer fizički nije moguće zaustaviti dolazak komunalnog otpada iz Hercegovine, pa jedino mogu prikupljati otpad koji dopluta.
Osim što zagađuje korito i obale Neretve, otpad ugrožava i ljudsko zdravlje jer se plastika raspada na mikroplastiku koju ribe konzumiraju misleći da je plankton. Tako plastika završava u hranidbenom lancu, što može imati ozbiljne posljedice za ljude. Ekolozi su ranije predlagali postavljanje mreža koje bi hvatale otpad prije nego stigne do mora, no za takve projekte potrebna su velika financijska sredstva.
Uz ovu novu krizu, Neretvu već godinama zagađuju deponije Uborak kod Mostara i deponija u Čapljini, koje tijekom poplava ispuštaju smeće u rijeku, čime se zagađuje cijeli tok od Metkovića do Ploča i dalje u Jadransko more. Plutajući otpad također predstavlja opasnost za brodove, jer su debla iz rijeke već uzrokovala brojne havarije u Neretvanskom kanalu. Pored plutajućeg smeća, ekolozi upozoravaju na još veću opasnost od kemijskog zagađenja koje kroz podzemlje može prodrijeti u vodotokove.