I bivši predsjednik Stjepan Mesić već na početku svog prvog mandata imao je velikih problema s pomilovanjima već od prvih odluka koje mu je pripremila Komisija za pomilovanja kojoj je na čelu bio Josip Boljkovac.
Kad je u srpnju 2000. na prijedlog Komisije Mesić pomilovao troje splitskih dilera nisu burno reagirali samo mediji. Josip Buljan, načelnik Odjela za droge splitske Policijske uprave, kad joj je na čelu bio Ranko Ostojić, podnio je ostavku jer je troje dilera bilo osuđeno zbog preprodaje više tisuća komada ecstasyja i amfetamina, a pomilovanju su se protivili i splitsko županijsko državno odvjetništvo i Županijski sud. Među troje pomilovanih bio je i rođak supruge tadašnjeg premijera Ivice Račana, što je bio dodatni razlog zbog kojeg su mediji tada skandalizirali to pomilovanje, dok je Ivan Zvonimir Čičak kao član Komisije pokušavao pravdati odluku jer je bila riječ o mladim ljudima pa je komisija ocijenila da im ipak treba pružiti šansu. I Sindikat policije Hrvatske na čelu s Dubravkom Jagićem tada je podržao Buljana ističući kako nije riječ o sitnim dilerima već o članovima lanca organiziranog kriminala koji su trgovali tabletama, o čemu govori i količina od zaplijenjenih 5200 tableta. Reagirala je tada i Udruga radničkih sindikata Hrvatske poduprijevši policijski sindikat, ali i predsjednika Mesića, obrazlažući kako ne treba i njega uvlačiti u propust Komisije za pomilovanja.
Glasnogovornica hrvatske Vlade Aleksandra Kolarić tada se u ime predsjednika Vlade Račana i njegove supruge ogradila od odluke o pomilovanju i afere ističući: "Premijer Račan je među onima koji nisu za pomilovanje pojedinaca uključenih u organizirani kriminal, a osobito kriminal vezan uz drogu"
Stjepan Mesić je svoju Komisiju raspustio tek nakon naknadnog novog skandala s pomilovanjem bivšeg Boljkovčeva vozača. Ali i nakon toga bilo je čitav niz problematičnih odluka, već i konceptualne prirode, jer je Mesić pomilovao i ubojice, pljačkaše, ratne zločince, odnosno svoj akt milosrđa koristio je prilično "faraonski" pa su neke njegove odluke rad pravosuđa u tim slučajevima prilično obezvrijedile.
Ivo Josipović i njegova Komisija imali su prilično uravnoteženi pristup ne gazeći dostojanstvo pravosudne vlasti i s osjećajem za pravdu. Naime, pomilovanja se daju zbog okolnosti koje su se dogodile nakon pravomoćno okončanog postupka, zbog obiteljskih, zdravstvenih i sličnih okolnosti koje zajedno s ponašanjem okrivljenika utječu na predsjednicu ili predsjednika države da zbog tih iznimnih okolnosti posegne za aktom milosti. Za razliku od predsjednika dr. Franje Tuđmana, i Stjepana Mesića, Josipović nije davao pomilovanja počiniteljima najtežih kaznenih djela.
>> Sulić je pomilovan zbog iznimno teškog zdravstvenog stanja
>> Predsjednica razriješila posebnog savjetnika Vladimira Šeksa
A sta je Tudjman napravio nego da je masovno "pomilovao" hrpu stranih legionara i svetskih probisveta i dao im puske u ruke kako bi imao normalne suradnike...za svoje bolesne ideje...