Ni pokojni papa Ivan Pavao II. nije se službeno osvrtao na Međugorje. Postoje, međutim, svjedoci koji tvrde kako je u privatnom razgovoru s njima spominjao to mjesto. Pokojni predsjednik dr. Franjo Tuđman tako je posvjedočio da mu je Ivan Pavao II. prenio želju da za posjeta Sarajevu 1997. pohodi i Međugorje.
Vidjelica Mirjana Soldo ustvrdila da joj je 1987. rekao: "Da nisam papa, već bih bio u Međugorju i ispovijedao bih." Brazilski biskup Maurillo Krieger je napisao: "Godine 1988. bio sam s osam drugih biskupa i 33 svećenika na duhovnoj obnovi u Vatikanu. Papa je znao da poslije ove obnove mnogi od nas idu u Međugorje. Prije nego što smo otišli iz Rima, nakon privatne mise s Papom, on je, a da ga nitko nije ništa pitao, rekao: Molite za mene u Međugorju. Rekao sam Papi drugom zgodom: Idem u Međugorje četvrti put. Papa se malo sabrao i rekao: Međugorje, Međugorje. To je duhovno središte svijeta. Isti sam dan s drugim brazilskim biskupima razgovarao s Papom u vrijeme ručka i rekao sam mu: Svetosti, mogu li reći vidiocima iz Međugorja da im vi šaljete svoj blagoslov? On je odgovorio: Da, da. I zagrlio me."
Fra Jozo Zovko također tvrdi kako mu je Ivan Pavao II. 20. srpnja 1992. rekao: "Brinite se za Međugorje, čuvajte Međugorje, ne umarajte se, ustrajte. Hrabro, ja sam s vama. Branite, slijedite Međugorje."