Ni za Europski sud za ljudska prava nije sporno što su Tuđmanovi transkripti zbog zaštite nacionalne sigurnosti Republike Hrvatske uskraćeni Vladimiru Šeksu za potrebe istraživanja za knjigu na kojoj je radio, upravo je objavljeno na stranicama ESLJP-a.
U svom zahtjevu Šeks je tvrdio da odbijanje deklasifikacije traženih dokumenata dovodi do kršenja njegova prava na pristup informacijama na temelju članka 10. Europske konvencije o ljudskim pravima, ali ESLJP je utvrdio da kršenja nije bilo. Žalio se i da mu je prekršeno pravo na pošteno suđenje u pravnim bitkama koje je vodio u RH, ali taj dio njegova zahtjeva ESLJP nije niti razmatrao.
Šeks je ponajviše prigovarao da državna tijela uopće nisu provela test razmjernosti pri razmatranju njegova zahtjeva. Prema ocjeni sedmeročlanog vijeća ESLJP-a Hrvatska ima dobar sustav za analizu razmjernosti između, s jedne strane potrebe države za zaštitom nacionalne sigurnosti, i s druge strane prava na pristup informacijama u skladu s člankom 10. Europske konvencije. ESLJP je uzeo u obzir da je čak pet nacionalnih tijela, od kojih najmanje dva izravno pregledalo tražene dokumente, pri čemu je Povjerenica za informiranje preispitivala suštinske kriterije odluke Ureda predsjednice Kolinde Grabar Kitarović transkriptima Tuđmanovih političkih razgovora. I Visoki upravni sud mogao je dobiti odobrenje za uvid, a predsjednica je odluku temeljila na mišljenju specijaliziranog tijela za pitanja nacionalne sigurnosti (Vijeća za nacionalnu sigurnost), a tu su njezinu odluku naknadno potvrdili i Povjerenica za informiranje, Visoki upravni sud i Ustavni sud. Povjerenica se složila sa zaključkom Ureda predsjednice da skidanje tajnosti sa spornih dokumenata može naštetiti nacionalnoj sigurnosti i vanjskim odnosima zemlje, te nije utvrdila zlouporabu diskrecione odluke predsjednice koja je od 56 traženih dokumenata odbila skinuti oznaku tajnosti sa 25. Stoga ESLJP smatra da postupak procjene Šeksova zahtjeva za uvidom u sporne transkripte nije bio manjkav ili lišen potrebnih postupovnih jamstava. ESLJP je citirao i stajališta ustavnih sudaca Lovorke Kušan i dr. sc. Gorana Selanca koji se nisu složili s većinom sudaca Ustavnog suda, kao ni Mato Arlović, ali ovaj put se suci ESLJP-a nisu složili s njihovim stavovima.
Što se tiče manjkavosti obrazloženja na što je ciljao prigovor Šeksa, ESLJP obrazlaže da je svjestan kako se u kontekstu nacionalne sigurnosti – koja tradicionalno čini dio suštine državnog suvereniteta – ne može očekivati da će državna tijela svoju odluku obrazložiti detaljno kao na primjer u redovnim građanskim ili upravnim predmetima, jer bi to moglo obesmisliti samu svrhu klasificiranja dokumenata. Stoga je ESLJP ocijenio razloge s kojima je Šeksu odbijen pristup dijelu traženih dokumenata relevantnim i dostatnim, odnosno da je uskrata uvida u sporne dokumente bila nužna i razmjerna važnim ciljevima nacionalne sigurnosti, a i da je naknadna revizija njegova zahtjeva pokazala da država nije probila okvire slobodne procjene o tom pitanju.
Između Šeksa i hrvatske Vlade vodila se tijekom postupka pisana polemika o nekim spornim pitanjima. Šeks je tako primijetio da je jedan tajni dokument koji mu je uskraćen već bio objavljen u drugoj knjizi iz 2005. godine. Međutim, Vlada je uzvratila da taj dokument nikad nije bio deklasificiran pa je pitala kako je Šeks uopće mogao zaključiti da su dokumenti koji su objavljeni isti oni za koje je tražio uvid. A ako je smatrao daje sporna objava bila posljedica protupravnog postupanja, bio je dužan to prijaviti državnom odvjetništvu.
Međutim, sud je odbacio prigovore Vlade temeljem kojih je traženo da se ESLJP uopće ne upušta u razmatranje Šeksova zahtjeva. Vlada je tvrdila da Šeks nije pretrpio nikakvu štetu zbog toga što nije dobio uvid u sve transkripte, jer je knjigu završio i u jednom intervjuu je i sam rekao kako ga uskrata pristupa preostalim dokumentima nije spriječila u objavi znanstvenog rada. Ali, ESLJP to nije smatrao odlučujućom okolnosti za ocjenu je li pretrpio značajnu štetu, jer mu je to onemogućilo daljnja istraživanja, dovelo do kašnjenja objave knjige, te je svoj rad namjeravao dopuniti ako mu se dopusti pristup povjerljivim dokumentima.
ESLJP se vodio načelima koja su postavljena u predmetu Magyar Helsinki Bizottság vezano za kriterije procjene: a) svrhu zahtjeva za informacijama; b) prirodu traženih informacija; c) uloga podnositelja zahtjeva i d) jesu li informacije bile spremne i dostupne.
Šeks je obrazložio da je transkripte Tuđmanovih razgovora tražio za potrebe pisanja knjige o nastanku hrvatske države, s tim da po zakonu nije imao obvezu navesti razloge zbog kojih to traži. Stoga ESLJP smatra da uopće nije bilo relevantno jesu li sporni dokumenti bili uopće potrebni za njegovu knjigu, već je dovoljno bilo da čitateljima pruža potpunu i detaljniju kronologiju događaja iz tog razdoblja 90-ih.
Tražene informacije moraju proći test javnog interesa, pri čemu se ESLJP pozvao na zaključak Ustavnog suda prema kojem je znanstvena monografija o nastanku RH bila od javnog interesa. Također, ESLJP je u svojoj praksi priznao visoku razinu zaštite akademskim istraživačima. ESLJP je na sva načelna pitanja odgovorio u korist zahtjeva Šeksa kao bivšeg političara koji je namjeravao objaviti povijesnu monografiju prenošenjem informacija od javnog interesa, te je stoga imao pravo na traženje pristupa spornim informacijama u skladu s člankom 10. Konvencije. Međutim, i država je imala pravo vodeći računa o nacionalnoj sigurnosti uskratiti mu uvid u Tuđmanove transkripte s kojih nije skinuta oznaka tajnosti.