Nakon izbijanja ustanka krajem srpnja 1941. stanje u oružanim snagama NDH ubrzano se pogoršavalo. Ustanak je istodobno izbio na različitim područjima novostvorene države i zahvatio je većinu srpskog pučanstva. Hrvatsko domobranstvo još je bilo u procesu nastanka i ustrojavanja, a osim toga bilo je sputano ograničenjima nametnutima od nominalne saveznice Italije te stoga nije bilo u stanju samostalno ugušiti ustanak tako širokih razmjera. Kao i Domobranstvo i Ustaška vojnica bila je u nastajanju i ustanak je u priličnoj mjeri narušio započeti proces ustrojavanja. Sve raspoložive postrojbe Ustaške vojnice ubrzo su upotrijebljene na suzbijane ustanka, a često su radi samovolje i nedostatka discipline, kao i zbog nedostatka školovanih časnika i dočasnika, više pridonosili raspirivanju ustanka nego njegovu gušenju.
Borbe protiv ustaničkih snaga ubrzo su vezale sve raspoložive snage Ustaške vojnice što je utjecalo da njezin razvoj nije bio pravocrtan i sustavno upravljan. Snaga ustanka i stanje na terenu zahtijevalo je da se postrojbe ustroje i na razinama višima od satnije. Primjerice, borbe na Banovini već su u ranoj fazi ustanka nametnule da se ustaške satnije koje su se nalazile na ovom području stave pod jedno zapovjedništvo na čelu kojeg se nalazio ustaški pukovnik Tomislav Rolf ili u zapadnoj Hercegovini, gdje su se objedinile pod zapovjedništvom ustaškog bojnika Ive Herenčića. Ovo udruživanje bilo je privremeno, ali je ukazivalo na potrebu za stvaranjem stalnih postrojbi više razine. Pokušaja ustrojavanja takvih postrojbi bilo je i ranije, ali je taj proces tek bio u začetku, a ustanak je ta nastojanja dodatno narušio. Ustrojavanje, stoga, nije bilo ravnomjerno. Stanje na terenu bilo je takvo da je teško bilo uspostaviti ujednačenost među postrojbama i mnoge bojne zapravo su bile samo ojačane satnije, a ljudstvo unutar postrojbi prikupljeno je prema trenutačnom stanju na terenu.
Tako je, primjerice, 23. satnija sastavljena od novaka iz Ivanca, Varaždina, Zlatara i Novske, a bilo je pripadnika i s područja Podravine, Like i Korduna, te je sveukupno brojila oko 150 novaka. U studenome 1941. satnija dolazi pod zapovjedništvo ustaškog satnika Ive Stiera i tada se satniji pridružuje još 50 vojničara s borbenim iskustvom. Satnija je željeznicom prebačena u Gračanicu, a u Bosanskom Brodu pridružila im se 6. satnija. Obje satnije bile su slabo opremljene i svi vojničari nisu posjedovali osobno naoružanje. Nešto kasnije pod Stierovo zapovjedništvo stavljena je i 25. satnija sastavljena većinom od Kordunaša i Ličana, što je bilo dostatno za ustroj slabe bojne. U svim dostupnim dokumentima, a većinom je riječ o spisima Hrvatskog domobranstva, ova bojna naziva se prema svom zapovjedniku – ustaška bojna Stier te se nalazila pod neposrednim zapovjedništvom domobranske 4. pješačke divizije. Tijekom Ozrenske operacije (3. – 11. prosinca 1941.) bojna je s još trima drugim bojnama okupljena u posebnu borbenu grupu koja se nalazila pod zapovjedništvom ustaškog pukovnika Juce Rukavine. Ni ove bojne nisu nosile brojčane oznake, već su nosile nazive prema svojim zapovjednicima.
Tijekom Ozrenske operacije ustaške bojne pretrpjele su osjetne gubitke u ljudstvu, a došla je do izražaja i njihova slaba opremljenost. Ubrzo nakon završetka ove operacije, tri bojne koje su pristigle s Rukavinom odlaze s Ozrenskog područja, dok ustaška bojna Stier i nadalje drži položaje oko Gračanice. Tijekom operacije „Ozren II.“ (28. siječnja – 9. veljače 1942.) ustaška bojna Stier i nadalje se nalazi na istim položajima, a u izvješćima se po prvi puta spominje kao ustaška XIII. djelatna bojna. Iz ovih izvješća također je vidljivo da je brojno stanje bojne znatno smanjeno i da čitava bojna broji tek nešto više od 200 ljudi, te da se satnije sastoje od samo dva voda koji su brojali 30-ak ljudi. Brojno stanje nastojalo se poboljšati dragovoljcima s Tuzlanskog područja, ali je zbog nedovoljna odaziva dio ljudstva morao biti unovačen. Nakon toga preustrojene su ustaška 6., 23. i 25. satnija u dvije satnije koje su dobile redne brojeve 1. i 2., a od novopristiglog ljudstva, većinom muslimana, ustrojena je nova 3. satnija.
Slična je situacija i s najpoznatijom postrojbom Ustaške vojnice – Crnom legijom. Kao datum njezina osnivanja uzima se 15. rujna 1941., a kakav je bio njezin točan sastav teško je utvrditi, jer je sačuvana arhivska građa vrlo oskudna. Pouzdano se zna da je tijekom listopada na području Sarajeva bilo osam djelatnih satnija pod rednim brojevima od 32. do 36. i od 39. do 41., što bi odgovaralo snazi dviju bojni. Kasnije je vidljivo da u Sarajevu djeluju I. i II. djelatna bojna. Međutim, iz izvješća Hrvatskog domobranstva o borbama koje su se vodile tijekom zime 1941./1942. na području središnje i istočne Bosne, a u kojima je sudjelovala i Crna legija, vidljivo je da snage Ustaške vojnice koje u ovim borbama sudjeluju pod zapovjedništvom Jure Francetića nikada ne prelaze snagu jedne bojne. U ovim izvješćima bojna se uvijek naziva prema svome zapovjedniku – ustaška bojna Francetić, te je iz njih nemoguće razaznati je li riječ o jednoj te istoj bojni ili se možda I. i II. bojna smjenjuju. Moguće je i da je jedna bojna služila za obuku i popunu druge na terenu ili da je zbog blizine ustaničkih snaga Francetić uvijek htio držati jednu spremnu bojnu u Sarajevu, ali sve su to nagađanja i bez pouzdanih dokumenata to ne možemo znati zasigurno.
U svakom slučaju, očito je da je Francetić uspio od snaga koje su mu stajale na raspolaganju ustrojiti učinkovitu postrojbu, koja se koristila kao neka vrsta interventne postrojbe. Ustaška bojna pod Francetićevim zapovjedništvom djeluje tako tijekom posljednjeg dijela Ozrenske operacije, kao pojačanje kojim se trebalo ponovno pokrenuti napredovanje domobranskih snaga, a potom djeluje kao interventna postrojba u obrani Pala. Tijekom operacija „Romanija“ i „Ozren II.“ nalazi se u sastavu Zaprečne grupe Vareš u kojoj je uvjerljivo najdjelatnija postrojba. Krajem veljače 1942. predvodi prodor prema opkoljenoj Rogatici, a tijekom ožujka istaknula se u izuzetno jakim borbama oko Žljebova i Han-Pijeska.
Iako je inzistirao na stezi u postrojbi, i Francetić je pokazivao znakove samovolje poput primjerice u Ozrenskoj operaciji, kada se oglušio o zapovijed pukovnika Gustovića i zauzeo raspored na bojišnici prema svome nahođenju ili kada je odbio poslušati zapovijed Generalmajora Fortnera da se povuče iz Han-Pijeska. Ipak, upravo su ga ove osobine činile najpogodnijim za predstojeću operaciju, kojom nije trebao samo očistiti područje istočne Bosne od ustaničkih snaga i uspostaviti nadzor nad istočnom granicom NDH, već i spriječiti ulazak talijanskih snaga na ovaj prostor. Talijani su, naime, pod izlikom zajedničkog djelovanja protiv ustaničkih snaga htjeli iskoristiti operaciju „Trio“ za ulazak u Sarajevo i istočnu Bosnu, čime bi vodstvo NDH izgubilo svaki oblik samostalnosti. U tom trenutku zamor među pričuvnim postrojbama Hrvatskog domobranstva bio je toliki da više nisu bile u stanju izvoditi napadna djelovanja većih razmjera, a novoustrojeni domobranski gorski zdrugovi još nisu bili spremni za borbu. Dio vodstva Ustaškog pokreta smatrao je da nije sve još izgubljeno te da treba pojačati Francetićeve snage i ovlastiti ga da otpočne samostalan prodor prema Drini. Francetić je prikupio sve raspoložive snage u Han-Pijesku i 1. travnja otpočeo s napadom. Pod njegovim zapovjedništvom u tom trenutku bile su ustaška I. i II. djelatna bojna, Pripremna bojna Sarajevo i II. željeznička bojna, a nešto kasnije pridružila im se i III. djelatna bojna Brčko. Sve postrojbe bile su dobro popunjene, ljudstvo koje je velikim dijelom dolazilo iz istočne Bosne bilo je motivirano za borbu, a na učinkovitost i visok moral dodatno je utjecalo i novo naoružanje koje je zaprimljeno neposredno prije početka operacije.
Prodor je bio neočekivano brz, čemu je u znatnoj mjeri zacijelo pridonio i sukob između četnika i partizana koji je na području istočne Bosne u tom trenutku bio na vrhuncu. Neposredno prije Francetićeva napada, snage NOP-a u potpunosti su nadvladale četnike pod Dangićevim vodstvom, a one postrojbe koje se nisu rasule ili povukle u Srbiju, stavile su pod svoje zapovjedništvo. Najjače snage NOP i DVJ-a bile su koncentrirane oko Han-Pijeska, ali unatoč tome Francetićev napad očito ih je u potpunosti iznenadio i još istoga dana zauzeta je Vlasenica. Nešto kasnije napadu su se pridružile i njemačke snage iz Zvornika, iako je i za njih ovaj prodor ustaških bojni predstavljao iznenađenje. Francetićev prodor prema Drini u potpunosti je ispunio ciljeve planirane operacijom „Trio II.“, a nakon početnog neodobravanja, njemačke snage odlučile su iskoristiti novostvorenu situaciju i otpočeti operaciju „Trio I.“ ne čekajući da talijanske snage dovrše svoje prikupljanje. Konačan ishod bio je izvlačenje glavnine snaga NOP-a pred njemačko-hrvatskim nastupom, dok je kod većine postrojbi Dobrovoljačke vojske došlo do osipanja i raspuštanja.
Iako time jedan od postavljenih ciljeva operacije „Trio“ nije ispunjen, za vladu NDH ova je operacija predstavljala veliki uspjeh, koji je u potpunosti ispunio svoju političku svrhu – zaustavljanje Talijana južno od demarkacijske crte. Operacija je imala i velik značaj za daljnji razvoj Ustaške vojnice, koja je zadobila prioritet u odnosu na Hrvatsko domobranstvo.
>>Treći dio feljtona: Odnos Ustaške vojnice i njemačkih snaga
General Francetić prije gore opisanih događaja je iznenadio partizane kod Vrgorca i nije ih napao bez razlike što je Crna Legija bila mnogobrojnija i jača od partizanski snaga , prema partizanskim izvještajima u kućama gdje su partizani uspjeli pobjeći Francetića bojovnici su izvadili kruh iz pećnica da nebi zagorio i kada su išli dalje prema istočnoj Bosni ostavljali su putem partizanima oružje da se mogu uspješnije boriti protiv Talijana jer je partizane smatrao Hvatskom braćom , a nažalost partizani su napravili veliki pokolj kod Vrgorca sa tim naoružanjem 20 . dana poslije !