Tijekom druge polovice 1992. pojave gospodarskog kriminala i političke korupcije bile su sve prisutnije u hrvatskim medijima. I uz očita novinarska pretjerivanja, površnost i želju za senzacionalizmom u nekim medijima, u svemu je bilo dosta istine. Ratni kontekst koji je očekivano odvlačio pozornost nadležnih organa vlasti, ali i zakonske i druge nejasnoće, do kojih je dolazilo tijekom pretvorbe državnog u privatno vlasništvo, uvjetovali su pojave poput zloporaba političkog položaja i stranačkog nepotizma. S obzirom na vladajući položaj koji je imao HDZ, većina primjera koji su dolazili do javnosti vezivao se uz tu stranku.
I Šeks je, koji je od kolovoza 1992. bio na mjestu potpredsjednika Vlade, u nekim istupima tijekom druge polovice 1992. upozoravao na sve učestalije pojave gospodarskog kriminala. Potaknut nekim reakcijama s terena, sredinom siječnja 1993. izjavio je: „Sada su reflektori upereni u HDZ. Ljudi se pitaju: da li ne znate, ili nećete, ili ste u kompaniji s njima i vrijeme je (...) da se poduzme odlučna akcija.“ U tom trenutku Šeks je iz različitih izvora (radnici, sindikati i drugi zainteresirani pojedinci) dobio opsežan materijal koji mu je omogućio temeljit uvid u razmjere kriminalnog djelovanja. Ispostavilo se kako su najčešći oblici pretvorbenog kriminala menadžerski krediti, menadžerska osiguranja, zloporabe pri prodaji i kupnje dionica te financijski inženjering. Direktori, menadžeri i drugi članovi uprave društvenih poduzeća u pretvorbi su zaključivali poseban ugovor o menadžerskom kreditu (najčešće s pouzdanom osobom u nekoj od banaka), pri čemu je kao hipoteka služila imovina samog poduzeća u kojem je menadžer bio zaposlen. Kreditima su se poslije kupovale dionice poduzeća. Zatim, članovi uprave društvenih poduzeća u pretvorbi su, temeljem odluke o posebnoj vrijednosti osobe o kojoj je navodno ovisio opstanak tvrtke, sklapali police osiguranja, nakon čega bi se podizali menadžerski krediti za koje je kao jamstvo služila zaključena polica. Drugim riječima, pojedinci su do vlasništva nad vrijednim dijelovima državne imovine dolazili državnim novcem. Šeks je upozoravao i na brojna neetičke postupke koje je s pravom ocijenio neprimjerenim situaciji u kojoj se Hrvatska nalazila. Ponajviše protiv članstva ministara i drugih visokih državnih dužnosnika u upravnim i nadzornim odborima društvenih poduzeća.
„Kada se shvatilo da je ovo s pretvorbom i privatizacijom prelijevanje iz šupljega u prazno, i da su neki preko noći, bez dinara, postali milijuneri (...) tada sam ja na jednoj skupštini HDZ-a Zagreba inzistirao da se progovori o lupežima. (...) To je jedan vrlo mali, ali izvrsno raspoređen sloj ljudi i u HDZ-u“, govorio je Šeks 1993. godine. Učinkovitijim načinom pokazala se djelovanje u novoj ulozi koju je dobio sredinom veljače 1993., kao posebni koordinator Vlade u borbi protiv suzbijanja kriminala u gospodarskom i pravnom sustavu.
Popularnost nakon Štibre
U drugoj polovici 1993. godine, Šeksovo djelovanje poslužilo je kao temelj operacija koje su nazvane Štibra, a čiji je cilj bio osiguranje financijske stege, uredno plaćanje poreza i općenito sprečavanje kriminala. Javnost je brujala o Šeksovu lovu na kriminal, a vjerojatno je riječi o vremenu kada je njegova osobna popularnost bila na najvišoj razini. Obični su ljudi u njemu vidjeli rijetkog visokog državnog i stranačkog dužnosnika koji se istinski trudi. Nekoliko je razloga uvjetovalo samo relativno uspješan ishod Šeksova lova na kriminal čime je, barem u jednom dijelu, u konačnici propuštena prilika ranog suočavanja s političkim i društvenim problemom koji i danas opterećuje Hrvatsku. S jedne strane, a kako je državni odvjetnik izvijestio Tuđmana u svibnju 1993., koordinacija između uključenih ministarstava bila je nedostatna, što će se poboljšati tek u drugoj polovici godine (operacije Štibra). Tome bi se mogle dodati i brojne lokalne opstrukcije. Ipak, ključni razlog treba tražiti u političkoj sferi: Šeksov lov, koji su neki očito držali prerevnim, doveo je do novog potresa u vladajućoj stranci. Šeks je javnu prozivku zloporaba u društvenim poduzećima, ali i neetičkim ponašanjem visokih državnih dužnosnika, započeo početkom 1993. sa slučajem generalnog direktora osiguravajućeg dioničkog društva Croatia osiguranje (CO) Dalibora Kovačevića kojeg se može smatrati izumiteljem menadžerskog osiguranja. Potom je, iako ne navodeći imena, upravo na primjeru upravnog odbora CO-a, upozorio na neprimjerenost činjenice da su njegovi članovi visoki državni dužnosnici koji na takav način dolaze do dodatnog izvora prihoda. Šeksovi istupi tako su predstavljali eksplozivan doprinos već postojećim sukobima u vrhu HDZ-a. Sukobima koji su svoj pravi korijen imali u heterogenim strujama od kojih se stranka sastojala, odnosno u borbi njihovih prvaka za Tuđmanovu naklonost, a time i pripadajuću političku moć.
Mesić je odmah počeo kritizirati Šeksove napade, koje je u jednoj prilici okarakterizirao boljševičkim: „Nije na članu Vlade da sam proziva, rješava i odlučuje“ i „da nitko nema pravo igrati se s pravnom državom.“ Mesiću, koji na ovakvu reakciju sigurno bio potaknut i napadima koje mu je upućivao šef osječkog HDZ-a Branimir Glavaš i tada blizak Šeksov suradnik, ubrzo će se pridružiti i Josip Manolić, jedan od osnivača stranke i tijekom 1990. i 1991. osoba iz uskog Tuđmanova kruga. Mesića i Manolića će tisak ubrzo predstavljati kao glavne lidere stranačke ljevice propuštajući uvidjeti kako dobar dio njihova nezadovoljstva treba tražiti u gubitku političkog utjecaja koji ubrzo postao evidentan: primjerice, Manolić, ranije predsjednik Vlade i šef obavještajne službe, od ožujka 1993. nalazio se na mjestu predsjednika Županijskog doma Sabora. Drugi krak napada na Šeksa personificirao je Mladen Vedriš nastupajući uime mlađe i srednje menadžerske elite (ponajviše iz Zagreba), a koji su lov na kriminal predstavljali kao napad na razvoj slobodnog poduzetništva. Ubrzo su prepucavanja između visokih stranačkih i državnih dužnosnika preplavili medije pa je sam Tuđman morao reagirati. Iako je donekle oslabio poziciju desnice u Valentićevoj vladi (odlazak Ivana Milasa), Tuđman je ipak ostavio Šeksa na dužnosti potpredsjednika jer je njegovo djelovanje uživalo veliku popularnost i imalo nekih učinaka te, konačno, jer se netko trebao prihvatiti nezahvalnih zadataka. Na sjednici predsjedništva HDZ-a, održanoj potkraj ožujka 1993., zaključeno je da međusobni napadi moraju prestati, ali bilo je jasno kako je riječ samo o zatišju pred buru. Stranački i drugi protivnici uspjeli su dobiti medijski rat protiv Šeksa. Tijekom ožujka, travnja i svibnja 1993. s novinskih stranica nije silazio slučaj Stjepana Kralja, pričuvnog djelatnika SZUP-a i očito nesređene osobe. Kralj je najprije optužio Šeksa za pokušaj nezakonitog uvođenja osiguravateljske tvrtke Helios u vlasničku strukturu Hrvatskih željeznica, a potom i za prikrivanje još uvijek nerazriješenog ubojstva sindikalnog lidera Milana Krivokuće. Primjerice, Vedrišu je uputio izvještaj u kojemu je stajalo: „Ekipa, Šeks je jedna gangsterska produžena ruka mafije Helios.“ Veleposlanstvima SAD-a i Švedske, pak, uputio je izvještaj u kojem je napisao kako Šeks i Državno odvjetništvo „aktivno štite ubice Milana Krivokuće“. Naravno, nije bila slučajnost što je Kralj kontaktirao upravo s Vedrišem, odnosno što se predstavljao kao „djelatnik SZUP-a kod gospodina Josipa Manolića (!)“, što su sve odreda bili Šeksovi politički protivnici. Iako su optužbe bile neistinite, svi zamislivi Šeksovi protivnici uživali su u ovom medijskom progonu. Primjerice, za Kraljeve konferencije za novinare od 12. svibnja 1993. Ivana Zvonimira Čička je zanimalo je li Šeks „bio agent KOS-a“ i ima li dokaza da je „Šeks upravo stoga bio ubačen u Helsinški odbor čiji je povjerenik u Zagrebu bio“. Konačan cilj ovog djelovanja sastojao se u prikazivanju Šeksa kao vođe HDZ-ove desnice, odnosno kao vođu ekstremnog krila stranke nesklonog Srbima, istinskoj demokraciji i mirnom rješenju sukoba u Hrvatskoj. Šeksovi protivnici uspjeli su u svom naumu. Kad su od druge polovice 1993. strani mediji počeli objavljivati članke u kojima je Šeks prikazan kao ultranacionalist, predvodnik nedemokratske i autokratske stranačke frakcije, čak i hrvatski Žirinovski, Tuđmanova tolerancija stranačke desnice – koju je sam Šeks definirao kao grupu koju obilježavaju tri cilja (suvremena hrvatska država, definitivni raskorak s bilo kakvom Jugoslavijom i antikomunizam) – počela je nestajati. Iako je raspolagao pokazateljima koji su upućivali na to da je, primjerice, Manolić iz pozadine stajao iza poznatog pisma šestorice iz rujna 1993., u kojemu je zatražena njegova ostavka, Tuđman je puno kritičniji bio prema desnici. Posebno prema Šeksu. U jednoj kasniji prilici čak je u užem krugu izjavio: „Oprostite, molim vas, ja sam tu principijelan. Neću dopustiti znači nikakve ekstreme u užem vodstvu [stranke], neću. Pa prema tome niti Šeksa...“.
Stranačka desnica stradala je na II. općem saboru HDZ-a održanom 15. i 16. listopada 1993. Sabor se treba promatrati u svjetlu Tuđmanove operacije etabliranja srednje linije i posljedične političke eliminacije najistaknutijih prvaka drugih frakcija stranke. Prema Tuđmanovu mišljenju, potez je bio jedini način da se sačuva stranačko jedinstvo, ali i očuva međunarodni ugled Hrvatske: prvaci desnice morali su otići u svjetlu predstojeće nove politike miroljubivosti prema krajinskim Srbima, a prvaci ljevice u svjetlu nepopularnosti u redovima običnih stranačkih pristaša. Mjesec dana poslije Tuđman će u krugu najbližih pristaša izjaviti: „Morao sam na onaj način intervenirati da bih spasio HDZ jer, da toga nije bilo, onda bih vas pitao što bi bilo od HDZ-a, pa prema tome, kako bi se i danas raspravljalo o Hrvatskoj u svijetu“. Tako, u krugu petorice novih potpredsjednika stranke, ali ni u novoizabranom Predsjedništvu HDZ-a, više nije bilo mjesta za Šeksa, Milasa, Glavaša, Manolića, Mesića i Vedriša. Nije pretjerano reći da je riječ bila o najtežem Šeksovu političkom trenutku: kad je, tijekom prvog dana sabora, povukao kandidaturu za mjesto potpredsjednika, mnogi su uočili da je potiho i zaplakao.
Ništa nije rekao Valentiću
U kasnijim medijskim istupima uviđao je Tuđmanove motive: „Potpuno sam racionalno prihvatio i shvatio razloge predsjednika stranke zašto je želio da ova postava bude na komandnome mostu HDZ-a.“ Ali nije se mogao do kraja osloboditi osjećaja nezaslužene odbačenosti: „Osjećao sam se kao majka koja je rodila i odgojila dijete, a potom su joj ga oduzeli.“ No, treba imati na umu da je riječ bila o potiskivanju Šeksa u stranu unutar stranačkih pozicija moći: zadržao je mjesto potpredsjednika Vlade (ponudu ostavke na to mjesto Valentić i Tuđman su otklonili).
Šeks se u punom svjetlu vratio na političku pozornicu tijekom slučaja puča Manolić – Mesić, do kojeg je došlo u proljeće 1994. godine. U najkraćim crtama, dvojica predsjednika domova Hrvatskog sabora pokušali su izazvati državnu krizu s krajnjim ciljem povratka na pozicije nekadašnje političke moći. S jedne strane, htjeli su proizvesti ozbiljniji raskol unutar HDZ-a i, u suradnji s oporbenim zastupnicima, zavladati Županijskim i Zastupničkim domom Sabora, čime bi primorali Tuđmana na neku vrstu kohabitacije. S druge strane, Tuđmanovu poziciju trebalo je oslabiti i međunarodnom kompromitacijom Hrvatske, primjerice, optužbama za agresivnu politiku prema BiH, o čemu su izvijestili i američki Kongres, kako bi ga i na taj način prisilili na popuštanje. Novija istraživanja pokazuju kako su Mesić i Manolić strategiju napada na Tuđmana počeli razvijati odmah nakon listopadskog sabora stranke. Ono što, zapravo, iznenađuje jest stupanj tolerancije koju je Tuđman imao u odnosu na urotnički dvojac: u zamjenu za odstupanje s mjesta predsjednika Zastupničkog doma, Mesiću je, primjerice, ponuđeno veleposlaničko mjesto, a obojici formiranje frakcije i ostanak u stranci. Šeks je glavnom pokretačkom snagom udara na Tuđmana smatrao Manolića. Mjesec dana poslije i Mesić i Manolić bili su smijenjeni s predsjedničkih mjesta u Saboru pa Šeksove riječi treba tumačiti u svjetlu najave obračuna (u očitom dogovoru s Tuđmanom).
Kako je to Šeks učinio? Tako da je, na sjednici Županijskog doma Sabora od 17. travnja 1994., povukao sve Vladine prijedloge o kojima se trebalo raspravljati. Time je uspio postići da se na idućoj sjednici (održanoj šest dana poslije) raspravlja samo o dvije točke: razrješenje predsjednika Županijskog doma i izbor novog predsjednika. Istodobno, uspio je osigurati podršku 70 zastupnika HDZ-a u Zastupničkom domu, čime je spriječio Mesićevu namjeru da novom odgodom sjednice pokuša spriječiti neizbježnu smjenu (do koje je došlo 24. svibnja 1995. godine). Važni razlozi zbog kojih je Šeks uspio ishoditi smjenu Mesića i Manolića jest neuspjeh potonjih u izdvajanju većeg broja saborskih zastupnika HDZ-a iz matičnog kluba, odnosno ocjena zastupnika HSLS-a i HSS-a prema kojoj novoosnovani HND nije sposoban osigurati većinu. Šeksov potez bio je dobar, proceduralno efikasan, a za protivnike šokantan.
Ipak, imao je jedan nedostatak: Šeksa je doveo u manji sukob s predsjednikom Vlade jer je, prema svemu sudeći, načinjen bez Valentićeva znanja. No, njegovo vrijeme u Vladi ionako je došlo kraju. Klub zastupnika HDZ-a u Zastupničkom domu Sabora bio je, zbog svih ovih događanja, u popriličnom rasulu, a saborska većina nije imala učinkovita koordinatora pa je Tuđman imenovao Šeksa na to mjesto.
„Biti dopredsjednik Sabora“, izjavio je početkom rujna 1994., „brinuti za unutrašnje ustrojstvo i funkcioniranje saborske većine, potpuno me zapošljava.“
>> Šeks optužen za pokušaj državnog udara i rušenje Tuđmana
>> Tito optužuje: Što to tamo u Slavoniji radi taj tužilac Šeks!?
Ne samo Manulića i Mesića u kombinaciji je bio i Tuđman.Šušak je imao pod kao ministar HV paralelne postrojbe koje su bile sastavljene večinski od provjerenih Rvata iz Hercegovine.