Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u Haagu podigao je 2001. optužnicu protiv Ante Gotovine, optužujući ga za planiranje etničkoga čišćenja i ratne zločine. Gotovina je odbio primiti optužnicu te je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. Nakon višegodišnjeg skrivanja, uhićen je na Kanarskim otocima (Španjolska), 7. prosinca 2005.
11. ožujka 2008. godine na Haškom sudu počelo je suđenje Anti Gotovini, Mladenu Markaču i Ivanu Čermaku. Na svojim prvim pojavljivanjima pred Haškim sudom izjasnili su da se ne osjećaju krivima. Haški sud je nepravomoćnom odlukom u prvostupanjskom procesu 15. travnja 2011. proglasio krivim Antu Gotovinu kao sudionika udruženog zločinačkog pothvata, krivim za djela progona, deportacije, pljačke, razaranja, ubojstva, nečovječna djela i okrutno postupanje, a sud ga je oslobodio odgovornosti za prisilno premještanje.
Određena mu je kazna od 24 godine zatvora. Dana 16. studenog 2012. general Gotovina je drugostupanjskom (pravomoćnom) presudom oslobođen optužbi i pušten na slobodu.
>>General Gotovina o Danu sjećanja: Tu ne smije biti politike
>>Prije dvije godine Gotovina i Markač pušteni na slobodu. Prisjetite se tog povijesnog dana!
Njemačka televizija je u vijestima objavila "uhapšen je najveći hrvatski ratni zločinac Ante Gotovina na kanarskim otocima" Kad je pušten na slobodu ratni zločinac Šešelj koji sa svojim izjavama prizna nisu komentirali. A našem igraču su zamjerili kad je vojnim pozdravom pozdravio povratak pravde u Hag.