Njemačku je u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj od njezine uspostave predstavljao general bojnik Edmund Glaise von Horstenau, koji će kasnije biti postavljen za Njemačkog opunomoćenog generala u Hrvatskoj (Deutscher Bevollmächtigter General in Kroatien) i poslanik Njemačkog Reicha u NDH Siegfried Kasche. Poslije napuštanja njemačkih snaga koje su sudjelovale u kratkome Travanjskom ratu, na području NDH raspoređene su dvije vojnoteritorijalne Feldkommandanture, nekoliko landschützen bojni za osiguranje, a potom je razmještena i 718. pješačka (posadna) divizija. Sve ove vojne postrojbe i stožeri bili su podčinjeni komandi Jugoistoka, odnosno Višem zapovjedništvu za posebnu upotrebu u Beogradu. Njemačka okupacijska zona na teritoriju Hrvatske bila je sjeverno od talijansko – njemačke demarkacijske crte.
Za razliku od nesporazuma s Talijanima, snage Ustaške vojnice su tijekom vojničkih poduhvata, koji su se uglavnom izvodili u Bosni, uspostavile dobar odnos s njemačkim snagama. Snage NDH, pa tako i snage Vojnice, našle su se od 1942. u različitim stupnjevima operativne podčinjenosti njemačkim snagama.
Prva je bila operacija na području istočne Bosne pod nazivom "Operacija Romanija". Za operacije u pothvatima "Trio I. " i "Trio II. " u istočnoj Bosni ustaške i domobranske snage pohvaljene su od glavnoga njemačkog zapovjednika, opunomoćenog generala u Srbiji Paula Badera i zapovjednika 718. pješačke divizije, general bojnika Johana Fortnera. Bader je posebno istaknuo ustaške snage pod zapovjedništvom potpukovnika Francetića. Ove su pohvale razmotrene na sjednici Glavnog stana Poglavnika 19. svibnja i odlučeno je da se „proglase svim ustaškim postrojbama u sastavu djelatne Ustaške vojnice sa potrebnom podkriepom i poukom za budući rad i držanje naši ustaša.“
Prema zapovijedi Poglavnika od 11. srpnja 1942. „radi neodloživog potrebitnog jedinstva u poduhvatima protiv pobunjenika i partizana“, a na prijedlog zapovjednika 718. pješačke divizije i u sporazumu s njemačkim opunomoćenim generalom u Zagrebu, sve hrvatske postrojbe na prostoru te divizije ograničenom Drinom, Savom, Bosnom i crtom k Talijanima, preko svojih zapovjedništava vežu se za 718. pješačku diviziju u Sarajevu, „čije će se zapovjedi bezsulovno izvršavati“. Za sve ustaške postrojbe određeno je da se stave pod zapovjedništvo ustaškog pukovnika Jure Francetića koji je dalje preko časnika za vezu bio vezan sa zapovjedništvom 718. pješačke divizije. U tom trenutku to je bilo blizu deset ustaških bojni (I., II., III., XXI., XXII., XXIII., XXIV. iz Francetićeva zdruga, XXV. u Bijeljini, XXVI. u Tuzli i 2. sat X. bojne u Brčkom) na ovom području. Za koordinaciju i vezu s hrvatskim snagama određen je kao „hrvatski general kod 718. pd“ general Mihajlo Lukić. On je prenio zapovijed zaprimljenu od zapovjednika te divizije od 7. srpnja 1942. da je u svim mjestima njenoga operativnog područja s njemačkom, domobranskom i ustaškom posadom, najstariji njemački zapovjednik ujedno i nadređeni zapovjednik.
Glaise von Horstenau zagovarao ukidanje
Pojedine ustaške postrojbe bile su izravno uključivane u operacije u okviru njemačkih borbenih skupina (Kampffgruppe). Tako je banjalučka VIII. bojna bila u borbi oko Ljubije srpnja 1942. u sastavu borbene skupine, kojoj je podčinjena još 22. lipnja 1942. godine. U drugom slučaju, Poglavnikovom zapovijedi od 16. srpnja sve ustaške snage unutar zone Kostajnica – Divuša – Dvor – Bosanski Novi – Blagaj – Kostajnica, a to su bile snage XII. bojne u Kostajnici, odnosno VI. i VII. bojne u Dvoru na Uni, podčinjavaju se njemačkoj borbenoj skupini West Bosnien od 18. srpnja 1942. godine. Nešto kasnije, 25. srpnja 1942. stigla je naredba da se istoj grupi podčini i Petrinjski zdrug pukovnika Mraka sa svim svojim postrojbama, uključujući i ustaške i oružničke postrojbe.
U ovom razdoblju, a onda i sve do kraja rata, dio ustaških postrojbi, pored onih iz Željezničke Ustaške vojnice, bio je raspoređen na zaštiti željezničkih prometnica, i to prije svega na području Bosne gdje su željezničke pruge bile vitalne za djelovanje njemačkih i hrvatskih snaga. Prema procjeni zapovjednika njemačke 718. pješačke divizije od 18. srpnja 1942. „sadašnja situacija u Bosni nalaže potrebu strogog i jedinstvenog uređenja zaštite željeznica. Osobito se mora po svaku cienu sprečiti rušenje i – makar i prolazno prekidanje željezničkih pruga Brod – Sarajevo i Doboj – Tuzla“. Stoga je naređeno da se hrvatske snage za osiguranje željeznica podčine posebnom njemačkom stožeru zbV Hongsberger. Za zajednički rad koji je ostvaren tijekom 1942. zapovjednik 718. pješačke divizije 21. siječnja 1943. svim hrvatskim časnicima na njegovu području odgovornosti zahvalio je na uspješnoj suradnji.
Njemačke ocjene o borbenoj vrijednost snaga Ustaške vojnice bile su različite, a mijenjale su se od vremena do vremena i od zapovjednika do zapovjednika. Za razumijevanje njemačkog viđenja pitanja Ustaške vojnice, bitan je odnos između njemačkog opunomoćenog generala u Hrvatskoj Edmunda Glaisea von Horstenaua i poslanika Kaschea. Ova su dva njemačka predstavnika imali potpuno različite poglede na Ustašku vojnicu.
Uglavnom za razliku od Kaschea i von Horstenaua koji su bili stalno u NDH, ostali su sudili o Ustaškoj vojnici prema trenutačnom stanju. Obavještajni odjel njemačkog zapovjednika Jugoistoka početkom studenoga 1941. dao je ustaškim postrojbama dobru ocjenu. I sam general von Horsteanu, iako potpuno nesklon ustašama, u svibnju 1942. ocijenio je da su puno bolji od Domobrana. Unatoč tomu njegov je stav bio da dio Ustaške vojnice nije uporabljiv za plansko djelovanje zbog nedostatka vojničkog odgoja i stege.
Glaise Von Horstenau više je puta zagovarao ukidanje Ustaške vojnice, stavljajući u kontekst njihovo djelovanje i ustanak na područjima NDH naseljenima Srbima. Kasche je, naprotiv, često isticao ustaše kao primjer za učinkovito djelovanje u skladu s uvjetima koji su vladali u NDH. On je srpnja 1942. smatrao da treba paziti pri donošenju sudova s njemačke točke gledišta, jer to vodi do pogoršanih zaključaka. Prema Kascheu stanje u NDH se mora razmatrati u početnom razvoju i zbog toga se i ne mogu postavljati zahtjevi u pogledu opreme, obuke, zapovjednog kadra i vojničke stege, koji proizlaze iz dugogodišnje obuke i razvoja. Za takvo mišljenje Kasche je kasnije naveo i djelovanje Francetićeve Crne legije, kao sastava postrojenog bez dovoljno zapovjednika i časnika za izobrazbu, a koja se unatoč tim nedostacima pokazala doraslom brojnim zadacima i koja je poprimala vojničku formu.
U tom razdoblju, a zbog izvršenih zločina, došlo je i do intervencije njemačkih snaga, tako su zbog zločina prema Srbima kod Vlasenice, uhićeni pripadnici 2. satnije V. bojne. Na osnovi ovog događaja njemački general u Zagrebu von Horstenau tražio je od ministra Lorkovića suglasnost da se kod njemačke 718. pješačke divizije formira sud za zločine počinjene na njenome operativnom području. Zbog pokolja srpskih civila u Palančištu kod Prijedora, razoružana je 2. satnija VIII. ustaške bojne. Ovo je izazvalo pojedine komentare u toj bojni, kako je Nijemcima dopušteno da vrše odmazde za svoje stradale, a ustašama to nije. „Oni vele da mi vršimo osvjetu, a što oni rade?“
Krajem 1942. bilo je izvjesno da ni Vojnica ni Domobranstvo nisu u stanju slomiti snage NOP-a što je prisililo Njemačku i Italiju da angažiraju dodatne snage na ovom prostoru. Cilj je bio slamanje pokreta otpora, osiguravanje stabilne vojnopolitičke situacije, a prije svega onemogućavanje savezničkog iskrcavanja na Balkanu. U studenome 1942. imenovan je i zapovjednik njemačkih trupa u Hrvatskoj, general poručnik Rudolf Lüters. Tako su od prosinca 1942. postojali kao odvojene zapovjedne instance njemački opunomoćeni general u Hrvatskoj i zapovjednik njemačkih snaga u Hrvatskoj (Befehlshaber der Deutschen Truppen in Kroatien), koji su bili podčinjeni zapovjedniku Jugoistoka. Potom je u travnju 1943. za područje NDH imenovan i viši policijski SS führer Konstantin Kamerhofer, odgovoran za javni red i sigurnost, odnosno za policijske postrojbe. Podređenost snaga NDH mijenjala se načelno u skladu s promjenama u organizaciji njemačkog zapovijedanja na prostoru NDH ili jugoistočnog bojišta od jeseni 1942. godine. Na osnovi ove organizacije, došlo je i do operativnog podčinjavanja postrojbi NDH (pa time i ustaških) njemačkoj 718. i 714. pješačkoj diviziji koje su tada djelovale na području NDH. Ono što je istaknuto je da se hrvatskim formacijama daje izvjesna odgovornost te da se njihove postrojbe ne dijele u sitnije cjeline.
Od početka 1943. pa do kraja rata ovakav odnos Nijemaca prema hrvatskim snagama, pa tako i snagama Ustaške vojnice, bit će „konstanta“. Ministarstvo oružanih snaga odredilo je 15. veljače 1943. da se sve hrvatske snage na prostoru omeđenom rijekama Savom i Drinom, njemačko-talijanskom demarkacijskom crtom i crtom Blinjski Kut – Bijelnik – Maja (sve isključno) podrede general poručniku Lütersu radi jedinstvenog zapovijedanja. Ovom naredbom, osim domobranskih snaga, podređen je I. ustaški stajaći zdrug njemačkoj 718. pješačkoj diviziji. Ovakav sustav vladao je i na području sjeverno od Save i u poslovima zaštite željezničkih komunikacija tijekom godine pa su Nijemci uglavnom zapovijedali svim hrvatskim snagama na svom interesnom području.
Prema viđenju Edmunda Glaisea von Horstenaua od 20. travnja 1943., Ustaški pokret bio je kompromitiran počinjenim pogreškama, zločinima i pojavama korupcije, ističući „osobito loš uticaj“ grupe iz emigracije. Ovdje su pobrojani Tomić, Luburić, Moškov i Lisak, kao ljudi koji imaju utjecaj na Poglavnika. Njemački je general predložio da se cijela Vojnica izvuče s hrvatskog prostora i od nje formira treća legionarska divizija i potom izvrši obuka u Reichu. Ostali nepotrebni dijelovi Ustaške vojnice mogli bi se staviti na raspolaganje policijskom vođi Konstantinu Kammerhoferu i biti uključeni u aktivnosti kao neka vrsta pomoćnog oružništva. Prijedlog je isticao prednost jedinstvene njemačke izobrazbe pod vodstvom njemačkih časnika i dočasnika. Slabljenje vojne moći na teritoriju Hrvatske, poslije eventualnog odlaska snaga Ustaške vojnice u Reich, nadomjestio bi se privremenim upućivanjem njemačkih jedinica. U svome dopisu OKH iz svibnja 1943., von Horstenau je također dao slično viđenje Ustaške vojnice.
Pavelić darivao Kaschea
Za razliku od skeptičnog von Horstenaua, poslanik Kasche bio je naklonjen Ustaškom pokretu i Paveliću. Prema pisanju B. Krizmana, Pavelić je „znao obilato darivati poslanika Reicha u Zagrebu da bi mu pojačao simpatije za ustaški režim i njega osobno“. U dopisu zapovjedniku za Jugoistok 25. lipnja 1943. Kasche je dao svoje viđenje situacije. On je ukazao da se njemački prigovori uglavnom odnose na ponašanje ustaša. Oni se odnose u biti na neobuzdana ustaška nasilja iz 1941. – 1942. godine. „Njih, kao ni odgovornost vodećih hrvatskih ličnosti ne može se negirati. No isto se tako ne može negirati da se revolucionarni čini ne zbivaju u mirnim građanskim oblicima…“. Ipak, Kasche je ukazao na činjenicu da Ustaška vojnica nije već gotovo godinu dana počinila izgrede, da se reorganizirala i razvila svoju borbenu snagu. On je ocijenio tadašnjeg načelnika stožera Ustaške vojnice, pukovnika Otona Čuša kao sposobnu osobu kojoj nema prigovora. Kache je o zapovjednicima pet ustaških zdrugova čuo u posljednjih mjeseci dosta pozitivnoga. U skorijim borbama u požeškom području istakla se XVI. ustaška bojna, stekavši posebnu zaslugu što je sudjelovala u obrani naselja Volksdeutchera. „Razbiti tu borbenu snagu u njenom razvitku i razmrviti tu ipak značajnu borbenu vrijednost te organizacije“, smatrao je Kasche činom „dostojnim najvećeg žaljenja“. Ustašama se mora priznati da žele surađivati pri „novom uređenju evropskih odnosa i da se trude da u tom pomažu, da im se prizna vrijeme za razvitak, potpuno je prirodno. Stoga je Kasche prisiljen da s posebnim naglaskom odvraća od onih misli kojima se ustaše brišu iz razmišljanja na njemačkoj strani i njih nadomještava situacijom koja ostaje nejasna.“
Kasche je u ovom izvješću ocijenio kao opasno pretjerivanje navode da su ustaše pobili 400.000 pravoslavaca, navodeći brojke iz istrage ubojstava u pojedinim kotarima. On navodi da je u deset kotara ubijeno 37.300 pravoslavnih, 24.400 muslimana ‒ Hrvata i 6.400 katoličkih Hrvata, ocjenjujući da su prema njegovim ispitivanjima izgredi počeli nasiljem pojedinih pravoslavaca ili pripadnika bivših jugoslavenskih jedinica. „Udarac ustaša bio je, svakako, vrlo radikalan. Kasche pri tom napominje da se ne poznaju druga načela pri suzbijanju bandi. Ne želi uljepšavati često užasne oblike borbe koje prakticiraju i jedna i druga strana. No konstatira da ustaška djela nisu bila nikada uperena protiv Nijemaca i njihovog vođenja rata u suprotnosti s onima bandi.“
U procjeni general pukovnika Lothara Rendulica iz kolovoza 1943., osim ukazivanja na brojno stanje i organizaciju, nailazimo i na njegovu ocjenu Ustaške vojnice, prema kojoj su pripadnici ustaških jedinica bili smrtni neprijatelji partizana i njihove borbe karakteriziraju najveća okrutnost, što je prema Rendulicu, u skladu s balkanskom tradicijom.