Zaštita prirode ima dugu povijest u Europi, no ipak, propisi doneseni u okviru Europske unije slabo su se provodili u njezinim članicama, što je rezultiralo velikim brojem prigovora njezinih građana. Biološka raznolikost danas je ugrožena iracionalnim korištenjem zemljišta, lošim planiranjem i intenziviranjem poljoprivrede. Dodatni pritisak na rasprostranjenost vrsta i njihov opstanak su klimatske promjene. Gubitak biološke raznolikosti veliki je problem Unije u kojoj jednoj od četiri ugrožene vrste prijeti izumiranje, dok je čak 88% ribljih zaliha prepolovljeno ili značajno smanjeno.
Stoga je u lipnju prošle godine Europska komisija usvojila Strategiju za zaustavljanje gubitka biološke raznolikosti i usluga ekosustava do 2020. godine. Uspostava ekološke mreže, međusobno povezanih vrijednih područja ugroženih vrsta i staništa, smatra se odgovarajućim mehanizmom za postizanje ciljeva Strategije.
U Hrvatskoj je postojeća ekološka mreža propisana Zakonom o zaštiti prirode te usklađena s europskom ekološkom mrežom NATURA 2000. Obuhvaća čak 47% kopnenog i 39% morskog teritorija Hrvatske (interaktivna karta http://www.cro-nen.hr/nem/). Svi nacionalni parkovi te parkovi prirode, uključujući i većinu posebnih rezervata (proglašenih i planiranih prostornim planovima) uključeni su u ekološku mrežu. Ona obuhvaća i većinu prirodnih koridora za divlje životinje, poput vodotokova, šumskih koridora, močvara značajnih za migratorne vrste ptica te druge elemente krajobraza koji omogućavaju nesmetane migracije divljih životinja. Svako od područja ekološke mreže sadrži ciljeve očuvanja, popis vrsta i stanišnih tipova, kao i mjere zaštite primjenjive za fizičke i pravne osobe koje na područjima ekološke mreže koriste prirodna dobra ili obavljaju radnje i zahvate.
NATURA 2000 zasniva se na dvije direktive, o pticama i staništima. Unutar mreže postoje posebna područja zaštite proglašena u skladu s Direktivom o staništima, koja identificira oko 230 stanišnih tipova i preko 1000 vrsta biljaka i životinja koje treba zaštititi. Dodatno, područja posebne zaštite proglašavaju se na osnovi Direktive o pticama, koja navodi više od 190 osjetljivih vrsta kojima je potrebna zaštita staništa, posebno onih migratornih na močvarnim staništima. Odabir područja vrši se na osnovi znanstvenih istraživanja, no nisu kategorizirana kao zatvoreni rezervati, već su dozvoljene ljudske aktivnosti kompatibilne s ciljevima zaštite tog područja jer NATURA 2000 podržava načelo održivog razvoja.
Ako se planira neka nova aktivnost ili zahvat na području NATURA 2000 ili izvan njega, prvo se utvrđuje ima li značajniji utjecaj na vrijednosti zbog kojih je ono proglašeno zaštićenim područjem mreže, a tu odluku donose nadležna državna tijela kroz postupak ocjene prihvatljivosti. Taj je postupak već ugrađen u hrvatsko zakonodavstvo i danas se odnosi na nacionalnu ekološku mrežu.
Kroz pregovore o pristupanju, Hrvatska se obvezala izraditi prijedlog onih područja koja će postati dijelom mreže NATURA 2000 te na taj način dodatno pridonijeti očuvanju ugroženih divljih vrsta i staništa. Dodatno, danom pristupanja Hrvatska će primjenjivati propisane mjere zaštite. Za morska područja NATURA 2000, kontinuirano će se provoditi istraživanje i prikupljanje znanstvenih podataka kako bi do dana pristupanja bilo moguće Europskoj komisiji dostaviti što potpuniji popis tih područja. Pristupanjem će pojedine biljne ili životinjske vrste biti dodatno zaštićene uvrštavanjem na europske liste, dok će se europski propisi o očuvanju divljih ptica prilagoditi obuhvaćajući i određene vrste za koje Hrvatska smatra da ih je potrebno posebno zaštititi.
Prijedlog NATURA 2000 za Hrvatsku revidira se te je komentare i prijedloge moguće dati na http://www.natura2000.hr sve do usvajanja Vladine Uredbe o međunarodnim ekološki važnim područjima, što mora biti učinjeno do dana pristupanja.