Posljednju, promijenjenu optužnicu iz 2000. protiv Radovana Karadžića potpisala je Carla del Ponte, a u njoj se on tereti za zlodjela prema 11 točaka optužnice.
Iznosi se da je on odgovoran i zbog toga jer je imao vrhovno zapovjedništvo nad oružanim snagama te bio politički vođa srpske republike u BiH.
Iz optužnice je jasno da je njegova tvorevina nastala na planiranom genocidu i uz mnogobrojna kršenja međunarodnih i ljudskih prava. Do potankosti su navedena zlodjela, kao i općine i mjesta u kojima su se događala. Karadžić je, prema mišljenju tužitelja, i osobno odgovoran za ta zlodjela.
GENOCID, SUDJELOVANJE U GENOCIDU, ISTREBLJIVANJE, UBOJSTVO, NAMJERNO ODUZIMANJE ŽIVOTA
RADOVAN KARADŽIĆ planirao je, poticao, naredio, počinio ili na drugi način pomogao i podržao planiranje, pripremu ili provedbu uništavanja, u cijelosti ili djelomično, nacionalnih, etničkih, rasnih ili vjerskih grupa bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata.
To uključuje: ubijanje bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata tijekom i nakon napada, ubijanje u logorima i zatočeničkim objektima, nanošenje teških ozljeda ili duševnih boli uključujući i ubojstva, seksualno nasilje, mučenje, premlaćivanja i pljačku, zatočenje u uvjetima života koji su smišljeni da dovedu do fizičkog uništenja te pogubljenje po kratkom postupku nakon zarobljavanja.
PROGONI
Ta točka optužnice obuhvaća: ubijanje tisuća, prisilno premještanje ili deportaciju desetaka tisuća Muslimana i Hrvata. Snage bosanskih Srba izložile su te civile surovom, neljudskom postupanju koje je uključivalo svakodnevna premlaćivanja, seksualno nasilje i prijetnje smrću, stalno ponižavanje i degradiranje. Zatočenicima je bila uskraćena odgovarajuća prehrana i liječnička njega, bila im je uskraćena uporaba higijensko-sanitarnih objekata i bili su prisiljeni trpjeti smještaj u neljudskim uvjetima. Snage bosanskih Srba sustavno su uništavale gradove, mjesta, sela i imovinu, uključujući kuće, poslovne prostore i muslimanske i rimokatoličke sakralne objekte. Objekti povezani sa srpskom pravoslavnom vjerom ostali su netaknuti.
DEPORTACIJA, DRUGA NELJUDSKA DJELA
Planirao je, poticao, naredio, počinio ili na drugi način podržao planiranje, pripremu ili provedbu prisilnog premještanja i deportacije desetina tisuća Muslimana, Hrvata i drugih nesrba. U mnogim slučajevima od njih se tražilo da potpišu dokumente u kojima se navodi da svu svoju imovinu predaju republici bosanskih Srba kako bi im vlasti bosanskih Srba dopustile odlazak ili ih pustile iz zatočeničkih objekata.
PROTUPRAVNO TERORIZIRANJE CIVILA
Organizirao je dugotrajna granatiranja i pucnjavu iz snajpera na civilna područja Sarajeva i na civilno stanovništvo, čime se teroriziralo civilno stanovništvo. Oružane snage koje su podržavale SDS i dijelovi JNA zauzeli su još prije izbijanja sukoba strateške položaje u Sarajevu i oko njega. Grad je nakon toga blokiran te napadan s tih položaja iz topničkog i snajperskog oružja. Topnički i snajperski napadi odvijali su se velikim dijelom s položaja na brdima oko Sarajeva, odakle su napadači imali jasan, detaljan i sveobuhvatan pregled nad gradom i stanovništvom grada.
Tijekom četrdeset četiri mjeseca Sarajevsko-romanijski korpus provodio je vojnu strategiju u sklopu koje se granatiranjem i pucanjem iz snajpera ubijalo, sakatilo, ranjavalo i teroriziralo civilno stanovništvo Sarajeva. Granatiranjem i pucanjem iz snajpera ubijene su i ranjene tisuće civila obaju spolova i svih životnih dobi, među njima djeca i starci.
Sarajevsko-romanijski korpus ciljao je civile i pogađao ih granatama i mecima iz snajpera u trenucima kad su radili u povrtnjaku, čekali u redu za vodu ili kruh, bili na sprovodu, igrali nogomet i gledali ga, kupovali na tržnici, vozili se tramvajem, skupljali drva ili jednostavno šetali s djecom ili prijateljima. Ljudi su ranjavani i ubijani čak i u vlastitom domu mecima koji su ih pogađali kroz prozor. Život svakog stanovnika Sarajeva postao je svakodnevna borba za opstanak.
Bez plina, struje ili tekuće vode, ljudi su morali izlaziti da potraže osnovne životne potrepštine. Svaki put kad bi izašli riskirali bi život. Ne samo da je granatiranjem i pucanjem iz snajpera počinjen pravi pokolj nego je ta neprekidna prijetnja smrću i ranjavanjem kod stanovnika Sarajeva prouzročila dalekosežne traume i ostavila psihičke posljedice.
UZIMANJE TALACA
Snage bosanskih Srba zatočile su više od dvije stotine pripadnika mirovnih snaga UN-a i vojnih promatrača na Palama, u Sarajevu i na drugim lokacijama. Pod prisilom su ih držali kao taoce na lokacijama od strateškog ili vojnog značenja širom BiH s ciljem da te lokacije zaštite od daljnjih napada UN-a iz zraka. Neki su taoci u zatočeništvu bili izvrgnuti napadima i maltretiranju druge vrste.