Pronađen je mrtav 5.3.2006. u 18.30 sati u svojoj ćeliji Haaškog suda. Utvrđeno je kako je počinio samoubojstvo, vješanjem. Desetak dana prije završilo je njegovo svjedočenje protiv Milana Martića a prije toga kao svjedok optužbe nastupio je u procesima protiv Momčila Krajišnika i Slobodana Miloševića. „Da me je neko streljao ne bi mogao da pomislim ko će da bude ovaj Tuđmanov džoker“, prebacio mu je Milošević u sudnici. Babić mu nije ostao dužan.
Rođen je 26. veljače 1956. u selu Kukor, općina Sinj. Diplomirao je 1981. na Stomatološkom fakultetu u Beogradu. Radio je kao zubar u kninskom Domu zdravlja. Bio je član Saveza komunista. Na prvim višestranačkim izborima 1990. Milan Babić je postao aktivni član Srpsbe demokratske stranke (SDS). Izabran je za predsjednika općine Knin. 17. kolovoza proglasio je „izvanredno stanje“ zbog „neposredne ratne opasnosti“ u Kninu a kao izgovor služile su glasine da hrvatska policija ide razoružati tamošnju“stanicu milicije“.
Tada je upućen poziv Srbima da dođu pred policijske postaje i uzmu oružje kako bi se sami branili. 1991. postaje premijerom „Republike Srpske Krajine“. Slijedeće godine, nakon smrti dotadašnjeg čelnika Jovana Raškovića, preuzeo je vodstvo SDS-a. Na čijem čelu će ostati do kraja.
Babić se već 1990. zalagao za prekid svih veza s hrvatskom vlasti tražeći oslonac samo u Beograd, gdje je često putovao na konzultacije. 1992. bio je protiv dolaska Unprofora. U početku imao je veliku potporu Miloševića. Međutim, kasnije ju je izgubio jer ga nije mogao kontrolirati, pa se Milošević okrenuo prema Milanu Martiću.
Uoči Oluje preselio se s obitelji u Srbiju. Tada je na nagovor američkog veleposlanika u Hrvatskoj Petera Galbraitha prihvatio plan Z-4 ali u Kninu su ga odbacili.
Zadnjeg dana Oluje prigovorio je Martiću da je izvlačenjem stanovništva htio Jugoslaviju uvući u rat, što je ocijenio kao katastrofalnu grešku.
Dugo vremena nitko ga nije spominjao dok se nije otkrilo da radi na jednoj farmi pilića u Vojvodini. Haaškom sudu predao se 26. studenoga 2003.
Optužen je za ratne zločine nad nesrpskim stanovništvom, prvi je u povijesti haškog tribunala priznao krivicu i nagodio se s Tužiteljstvom.
Na početku suđenju, u siječnju 2004. izjasnio se da je kriv po jednoj točki optužnice, za progon kao zločin protiv čovječnosti. Osuđen je na 13 godina zatvora. U zamjenu za blažu kaznu Babić je postao svjedok pokajnik, C-061, pristavši svjedočiti protiv onih s kojima je svojedobno surađivao.
Na početku sudskog procesa pročitao je svoju izjavu koja je imala veliki odjek: „Izlazim pred ovaj Tribunal s dubokim osjećanjem sramote i kajanja. Dozvolio sam sebi sudjelovati u progonu najgore vrste, protiv ljudi, samo zato što su bili Hrvati, a ne Srbi.
Nevini ljudi su bili proganjani, nevini ljudi su nasilno istjerani iz svojih kuća i nevini ljudi su ubijani. Čak i nakon što sam saznao što se dogodilo, šutio sam o tome. Još gore, nastavio sam sa službom i kroz moje vlastite aktivnosti postajao osobno odgovoran za nehumane postupke koji su pogodili nevine. Žaljenje koje osjećam zbog toga je bol s kojom moram živjeti ostatak života“.
Bivši hrvatski predsjednik Mesić je nakon njegova priznanja krivnje prepričao njihov susret u Beogradu 1991. Tada ga je, kako kaže, upozorio da Milošević i Borislav Jović, srpski član predsjedništva SFRJ, njime manipuliraju, i da će ih na kraju ostaviti. „Ako želiš dobro Srbima u Hrvatskoj, onda dođi u Zagreb, možemo sjesti i svaki problem razriješiti“, svjedočio je Mesić. Babić mu je, međutim, uzvratio; „Ja ću poduzeti sve da imam državu i imat ću državu“. Mesić mu je odgovorio kako, kad završi rat u Hrvatskoj, neće imati ni državu ni ordinaciju.
Zbog svjedočenja protiv svojih sunarodnjaka Babić je dobio stigmu izdajnika. Nakon njegova samoubojstva, mediji su nagađali da će biti pokopan vjerojatno u Norveškoj, Kanadi ili nekoj drugoj zemlji gdje su pod haaškom zaštitom i skrivenim identitetom živjeli njegova supruga Dušanka i djeca, sin Stefan i kćer Jelena. Nešto više od dva tjedna kasnije, 21. ožujka 2006. bivši čelnik „krajinskih“ Srba
Milan Babić pokopan je na Novom bežanijskom groblju u Beogradu. Pokopu nisu prisustovali članovi njegove najuže obitelji, supruga i djeca.