Devedesete su dekada novog početka festivala koji je od sedamdesetih lutao mnogim koncertnim prostorima, ali i koncepcijski, te duljinom trajanja pojedinih godina.
Završnica Zagreb-festa ‘90. prvi je put održana u Velikoj dvorani Doma sportova, a među tri večeri prva je bila superfinale radijske emisije Demo X u diskoteci The Best, pobjeđuje Severina Vučković, dok je na drugoj prvi put u festivalski program uvrštena religiozna tematika – SFRJ bila je pred raspadom, a iskazivanje nacionalnog i vjerskog identiteta u usponu – pod naslovom “Radujte se, narodi” na kojoj su pjevači izvodili program najpopularnijih božićnih pjesama. Završna večer održana je u dva bloka: prvom “Zvijezde koje dolaze” natjecateljskog karaktera i drugom “Zvijezde koje traju” revijskoga karaktera. Zagreb-fest ‘91. trajao je samo jedan dan u svim prostorima KD Vatroslav Lisinski. Nije bio natjecateljski, a pjevači su nastupali sa već poznatim pjesmama nastalim ratne 1991., pa je festival održan unatoč ratnim zbivanjima, radi kontinuiteta i kao „otpor pjesmom“. Na Zagreb-festu ‘92. uz nagradu žirija dodjeljuje se i nagrada za najbolju skladbu o kojoj odlučuju sami autori sudionici festivala, a prema žiriju Zlatnu notu dobiva Zrinko Tutić za pjesmu “Santa Maria” Maje Blagdan. Svakogodišnja izmjena naziva pojedinih večeri 1993. uključuje Moj prvi Zagreb-fest i Večer hitova.
I tek osnovana Hrvatska glazbena unija izabire pobjednika prve večeri, nagradu žirija na Večeri hitova dijele Ivana Banfić i Neki to vole vruće, a glavnu nagradu žirija 35 radijskih postaja opet dobiva Zrinko Tutić za pjesmu “Ti si čovjek moj“ s Majom Blagdan. Zagreb-fest ‘94. podijeljen je na tri večeri, šansona, pjesama o Zagrebu i hitova, od kojih zadnja opet nije natjecateljska. Iduće 1995. u festivalski program pod navalom tzv. turbo-dance produkcije uvodi se “Pop and dance večer” na kojoj u Bestu svi izvođači nastupaju uz snimljene matrice, festival nije natjecateljski, kao ni idući. Godine 1997. festival je protegnut na cijeli tjedan, ali je gubljenje koncepcije posvemašnje.
U potpunoj opreci prema tom disperziranom izdanju festivala, iduće godine Zagreb-fest održava se u maloj dvorani KD-a V. Lisinski kao Prvi međunarodni festival šansone Chansonfest ‘98., koji umjetnički direktor Hrvoje Hegedušić najavljuje kao povratak korijenima. To su vremena u kojima neke estradne zvijezde inzistiraju na nastupu uz snimljene matrice, pa glavni tajnik Hrvatskog društva skladatelja Ivo Josipović dvojbe rješava izjavom: “Tko ne želi pjevati uživo, nije dobrodošao na Zagreb-fest”. Od 2000. organizaciju Zagreb-festa preuzimaju HDS i diskografska kuća Cantus, a 2012. festival se, nakon nekoliko godina održavanja u dvorani kina Studentski centar, vraća u KD Lisinski, gdje je izvedeno 17 pjesama, od kojih je 14 izabrano natječajem, a tri su naručene od Mire Buljana, Zorana Mišolongina i Ante Pecotića.
Te godine, kao ni iduće, kad je proslavljena 60. godišnjica osnutka festivala, Zagreb-fest nije bio natjecateljski i nisu izabrani pobjednici. A što je festival bez pobjednika? Od 2014. koncepcija festivala vraća se početnoj strategiji da se radi o festivalu skladatelja, pa se na scenu osim mlađih autora idućih godina penju i novi pop-izvođači, koji s orkestrom i dirigentom Alenom Bjelinskim festival pretvaraju u izlog suvremene pop-glazbe. A budući da pop-glazba po definiciji treba biti i popularna, između nagrada žirija i godišnjih izvještaja o izvođenju na radijskim postajama, Zagrebački festival, kako se punim imenom opet zove od 2014., donio je i neke od najpopularnijih domaćih pjesama zadnjih godina, te se, kao i novija izdanja Sanrema na koji se u početku i ugledao, pretvorio u smotru pop-pjesme koja je danas, usprkos prigovora tradicionalista, prilično različita nego na zabavnoglazbenim počecima.
Žanrovski raspon naznačuju i pobjednici koje su odabirali stručni žiriji. Među njima bila je Opća opasnost s “Tragovima” i Kristijan Rahimovski s “Postoji li mjesto” 2014., iduće godine Silente s “Čudna ili čudesna”, zatim Marijan Ban i “Ne voliš me više”, te lani “Sve se u meni budi” (Kedžo i Zsa Zsa) autora Ante Pecotića. Od 2014. objavljuje se i popis najemitiranijih pjesama u radijskim programima, što također podsjeća na ranu koncepciju festivala kad su upravo radijske postaje bile glavni generator uspješnosti neke pjesme.
Taj praktični podatak, kao i natjecateljski karakter festivala koji je moćna platforma za plasman novih pjesama, opet je dolio strasti zadnjih godina, na kojima su najizvođenije pjesme dali Pavel s “Čuvaj me” Aljoše Šerića, Neno Belan & Fiumens s “Jer je pjesma dio nas”, 2016. ponovno Pavel sa Šerićevom “Poslije nas”, te lani “Sve u meni se budi” Ante Pecotića, što je i jedini slučaj posljednjih godina da je pobjednička pjesma ujedno bila i najemitiranija.