Prva optužnica protiv Gotovine otpečaćena je 26. lipnja 2001., od kada je bio u bijegu. Izmijenjena optužnica objavljena 8. ožujka 2004. godine. U njoj se navodi da je od 4. kolovoza 1995. do 15. studenoga 1995. Hrvatska izvela vojnu ofenzivu poznatu kao “Oluja”, s ciljem vraćanja regije Krajine. U optužnici se navodi da je Ante Gotovina s drugima, uključujući Ivana Čermaka, Mladena Markača i predsjednika Franju Tuđmana, sudjelovao u udruženom zločinačkom pothvatu, čiji zajednički cilj je bio prisilno i trajno uklanjanje srpskog stanovništva iz regije Krajina, između ostalog pljačkanjem, oštećivanjem ili potpunim uništavanjem imovine srpskog stanovništva, kako bi se pripadnike tog stanovništva odvratilo ili spriječilo da se vrate i ponovno nastane u svojim domovima.
Dalje se navodi da su tijekom operacije “Oluja” i nakon nje, hrvatske snage napale gradove, sela i zaseoke u južnom dijelu regije Krajina i nad njima preuzele kontrolu. Na osnovi zapovijedi Ante Gotovine, te su snage izvršile djela navedena u optužnici. Prema optužnici, Ante Gotovina je tim djelima i propustima potakao druge, uključujući hrvatske civile, da i oni počine djela koja su navedena u optužnici. Nadalje, optuženik je bio dužan ponovno uspostaviti i osigurati javni red i sigurnost, a tu je svoju dužnost propustio izvršiti. Navodi se da su hrvatske snage počinile brojna kršenja međunarodnog humanitarnog prava, uključujući ubojstva najmanje 150 krajiških Srba te pljačku i uništavanje imovine, prisiljavajući na taj način krajinske Srbe da bježe.
U optužnici se navodi da Ante Gotovina, zapovjednik Operativne zone Split Hrvatske vojske (HV) od 9. listopada 1992. do ožujka 1996. bio je vrhovni operativni zapovjednik tog dijela operacije “Oluja”. Kao takav, Ante Gotovina vršio je de jure i de facto zapovjedništvo i nadzor nad svim hrvatskim snagama tijekom operacije.
Spajanje optužnica
Za očekivati je da će Tužiteljstvo u Haagu zatražiti spajanje Gotovinine optužnice s onom protiv Ivana Čermaka i Mladena Markača. Njihova je optužnica, naime, identična, Gotovininoj, ali do sad su bile odvojene jer je Gotovina bio u bijegu. Markač i Čermak su optuženi 8. ožujka prošle godine, a zatim su pušteni na privremenu slobodu.