Iako se suočava s teškom tragedijom, smrću sina, John Travolta ima podršku svoje Scijentološke Crkve. Dapače, imajući visok status "Operativnog Thetana" (peti stupanj na ljestvici scijentološkog prosvjetljenja), Travolta je prilično dobro upoznat s naukom svoje vjere, koji govori da je ljudsko tijelo tek svojevrsno vozilo izvanzemaljske duše koja se oslobađa u trenu smrti. Ovaj nauk, paradoksalno, nije najčudniji dio Scijentološke Crkve, postoje mnogo kompleksniji (a liječnici bi rekli i opasniji) obrasci koje vjernici trebaju poštivati, a dijelom su ove rastuće vjerske zajednice. Kontroverzna učenja u sferama zdravlja možebitan su uzrok smrti mladića tijekom napadaja u obiteljskoj kući na Bahamima, piše Daily Mail.
Naime, iako Travolta svoju tragediju objašnjava kao posljedicu terminalne faze Kawasakijeve bolesti od koje je mladić bolovao, liječnici tvrde da nikad nije zabilježen takav napad u danoj dijagnozi. Prema nekim neimenovanim izvorima, Jett Travolta bolovao je od autizma, za kojeg nisu rijetki napadaji u adolescentskoj dobi. Ali Scijentologija negira postojanje ove bolesti - prema njihovim navodima, ne postoje psihički i neurološki poremećaji već se radi o vitaminsko-mineralnoj neravnoteži koji se lako daju nadomjestiti, a bolesnika se upućuje da što više sudjeluje u praktičnom životu Crkve. Radi ovog kontroverznog nauka, stotine psihoterapeuta su podigli glas, prozivajući da je Scijentologija kriva za propast mnogih pacijenata koji su prestali uzimati lijekove i kojima se stanje žestoko pogoršalo.
Mnoge su činjenice još nerazjašnjene u slučaju smrti Jetta Travolte. Patolozi su ustanovili da je bio već nekoliko sati mrtav nakon što mu je pronađeno tijelo. Ovo je dovelo u pitanje navode obitelji da su se za mladića dvadeset i četiri sata dnevno brinule dvije dadilje. Stvar je još više zakuhala činjenica da je jedan od tih "dadilja" bio stanoviti Jeff Michael Kathrein, po zanimanju fotograf, koji nije imao nikakva iskustva u brizi o autističnoj djeci. Izgleda da je posao skrbi nad jadnim mladićem, koji je znao imati i nekoliko napadaja tjedno, dobio isključivo jer je bio Scijentolog kao i John Travolta. Usprkos navodima obitelji da je Jett primao lijekove (ali su i liječnici ustanovili njihovu neučinkovitost) mnogi vjeruju da bi nesretan mladić još bio živ da nije bilo kontroverznog nauka Crkve.
Scijentolozi su vjerska zajednica začeta od pisca znanstvene fantastike Rona Hubbarda. On je ustvrdio da je prije 75 milijuna godina izvanzemaljski tiranin Xenu zarobio rasu Thetana na Zemlji, te uveo ideju o zavjeri psihijatara koji namjerno truju svoje pacijente psihoanalizom i tabletama.
Zajednica bilježi stalan uspon članstava, iako ga kritičari objašnjavaju željom ljudi da upoznaju filmske zvijezde koje su se pridružile pokretu. Bivši članovi Crkve (ujedno i najveći kritičari) česta su meta proganjanja i uznemiravanja, budući da vjernici prate Hubbardovu uputu kako "neprijatelje Scijentologije treba uništiti otimačinom i nasiljem" te da "svaki član, bez obzira na mjesto u hijerarhiji, ima pravo uništiti neprijatelje Crkve prijevarama, lažima i tužbama".
U svakom slučaju, stručnjaci se boje za sigurnost stotina djece s psihičkim poremećajima, a čiji su roditelji članovi kontroverzne zajednice.
