Josip Stanišić na početku ove sezone otišao je iz Bayerna na jednogodišnju posudbu u Bayer Leverkusen u potrazi za većom minutažom. Pokazao se to kao pun pogodak jer Stanišić se prometnuo u jednog od najjačih aduta momčadi Xabija Alonsa, a ove sezone je na učinku od četiri gola i šest asistencija u nešto više od 2200 minuta provedenih na terenu, odnosno tek 25 punih utakmica. Nimalo loše za obrambenog igrača.
Doveden je primarno kao rezerva Jeremieju Frimpongu koji se ove sezone promaknuo u ponajboljeg desnog beka na svijetu, ali se svojom polivalentnošću itekako nametnuo španjolskom stručnjaku koji ponajviše cijeni njegovu sposobnost da podjednako dobro igra na pozicijama desnog beka, desnog krilnog beka i desnog stopera u sustavu s tri otraga.
Mnoge je iznenadilo kada ga je Alonso uvrstio u početnih jedanaest protiv Bayerna u utakmici kojom je Leverkusen praktički prelomio prvenstvo i osigurao svoj prvi naslov prvaka u klupskoj povijesti. Stanišić mu je to povjerenje vratio na najbolji mogući način. Zabio je prvi pogodak u pobjedi svoje trenutne momčadi od 3:0 protiv njegovog matičnog kluba. Tom prilikom je izjavio:
– Sretan sam, ali pomalo i razočaran. Iz poštovanja nisam slavio pogodak – to mu je ujedno bio i prvi gol za Leverkusen.
Zazivali su navijači Bayerna njegov povratak u siječnju nakon što je Bavarski div u prvom dijelu sezone muku mučio s pozicijom desnog beka. Leverkusen je to odbio, a na to je mjesto iz Galatasaraya doveden Sacha Boey. Tko zna što bi bilo da ga je Leverkusen pustio natrag u Bayern.
U posebno sjajnoj formi je u zadnjih sedam utakmica u svim natjecanjima. U tom periodu ima učinak od tri gola i tri asistencije, a dva njegova gola su direktno spasila Leverkusenov niz nepobijeđenosti koji se sada proteže na 50 utakmica. Njegov pogodak u 97. minuti protiv Borussije Dortmund donio je njegovoj momčadi remi 1:1, a zanimljivo je da je u istoj minuti zabio i za remi 2:2 protiv Rome u uzvratnoj utakmici polufinala Europske lige.
Svojim predstavama ove sezone Stanišić se vrlo vjerojatno izborio za mjesto prvog desnog beka hrvatske reprezentacije na Europskom prvenstvu koje za mjesec dana počinje u Njemačkoj. Dosada je za reprezentaciju skupio 17 nastupa, a još čeka svoj prvi pogodak koji bi mogao doći na Euru budući da se ove sezone profilirao kao igrač za bitne trenutke
Što se njegove budućnosti tiče, izgleda da će se na ljeto morati vratiti u Bayern jer njegova posudba u Bayer ne sadrži klauzulu o kupnji, ali on je navodno obavijestio čelne ljude Bayerna kako se želi zadržati u Leverkusenu. Proslavi li Bayer ove sezone trostruku krunu to će dobrim dijelom biti i zahvaljujući našem reprezentativcu.