Nijedna rasprava o BiH i budućem ustavu ne prolazi bez prijepora o karakteru bošnjačko-hrvatskog ratnog sukoba. U Hrvatskoj se to pitanje uglavnom problematizira s aspekta odgovornosti i uloge predsjednika Tuđmana. Postrance ostaju aktivnosti međunarodne zajednice, kao i srpska politika i agresija. O ulozi muslimanskoga vodstva, a osobito Alije Izetbegovića, govori se isključivo gledajući na nj kao na čovjeka "koji je umro za cjelovitu Bosnu".
Teško je, međutim, zanemariti izvore bliske samom Izetbegoviću. Javna polemika koju je s njime vodio bivši prvi čovjek bošnjačke vojske Sefer Halilović otkriva drugu stranu politike bošnjačko-muslimanskog vrha. U međusobnom prepucavanju za "izdaju Srebrenice" Halilović mu se u lipnju 2003. javno obratio: "Ako si zbog godina ili starosti zaboravio, podsjećam te da si 16. rujna 1993. godine s Momčilom Krajišnikom tajno potpisao zajedničku Deklaraciju o podjeli BiH... koja u stavku petom kaže: da oformimo radnu grupu za posebna pitanja koja se odnose na teritorijalno razgraničenje između dvije republike u budućoj uniji BiH, uključujući i istočnu Bosnu". U tom tajnom sporazumu, podsjeća Halilović, također stoji "da se Republika Srpska i HR Herceg Bosna, nakon dvije godine, mogu referendumom izjasniti žele li ostati u uniji BiH ili se priključiti Srbiji i Hrvatskoj".
Sporazum sa Srbima
Valja podsjetiti na zaboravljeni srpsko-muslimanski sporazum kojim je nedugo nakon prvih višestranačkih izbora u BiH Izetbegović pokušao tražiti sreću u dogovoru s Miloševićem. Sklopljen je u Beogradu, ali je propao jer su ga Hrvati dočekali "na nož", kako će sam Izetbegović poslije potvrditi u intervjuu za RFE, u lipnju 2000. godine. Točno je da su Hrvati, ali i dio Bošnjaka, taj sporazum nazivali veleizdajom. Halilović svjedoči i o razgovoru s prvim ljudima bošnjačkog vodstva, kojemu je cilj bio pridobiti ga kao zapovjednika s karizmom da agitira za ideju razmjene teritorija kao "odličnog" rješenja za BiH.
"Pričao sam na telefon s Ugljaninom (dr. Sulejman Ugljanim, predsjednik SDA za Sandžak, op.a.) i ja ga pitam ... bi li narod Sandžaka pristao da se zamijeni Sandžak za istočnu Hercegovinu?" Na pitanje Ejupa Ganića, inače podrijetlom iz Sandžaka, "i što kaže Suljo?", Izetbegović je odgovorio: "Suljo kaže da bi to narod u Sandžaku s oduševljenjem prihvatio." Nakon Ganićeve pohvale ideji, koju je nazvao odličnom, Izetbegović je bio toliko oduševljen vlastitim planom da je morao na kraju poentirati: "Naravno da bi bilo odlično. Skupiti narod, srediti državu i raditi svoja posla.
" Bosanski Kongres (SAD), čiji je potpredsjednik dr. Muhamed Borogovac, podignuo je protiv Izetbegovića javnu optužnicu za veleizdaju.
Pojava "straha"
Naime, Izetbegović je na 49. zasjedanju Generalne skupštine UN-a, 27. rujna 1994., na iznenađenje muslimanskih opkoljenih enklava u istočnoj Bosni, sam zatražio da se odluka za skidanje embarga ograniči "samo na donošenje formalne odluke", a njena primjena odgodi za šest mjeseci.
"Ja sam lično tada učinio jedan rizičan korak rekao sam da mi odložimo naš zahtjev za skidanje embarga na šest mjeseci", priznao je Izetbegović svojoj stranci u Zenici 5. kolovoza 1995., kad je Srebrenica već bila u srpskim rukama.
Pravdao se tada strahom za sudbinu enklava kad se povuče Unprofor, što se podrazumijevalo nakon ukidanja embarga. Međutim, taj "strah" nije postojao ni prije ni poslije zasjedanja Skupštine UN-a. Samo dvadesetak dana prije "pojave straha" Izetbegović je bio hrabar i odlučan: "Ako nas stave pred alternativu plave kacige ili oružje izabrat ćemo oružje." (Der Spiegel, 9. rujna 1994.)
Posve drukčija slika koju daju mediji baš u vrijeme donošenja novoga ustava te nedavno suglasje predsjednika Mesića i bošnjačkog lidera Tihića o projektu "građanske države" (što je u bosanskohercegovačkim prilikama ekvivalent za bošnjačku majorizaciju), kao i Mesićeva popularnost među Bošnjacima, razmjerna slabljenju hrvatske pozicije, doživljava se među Hrvatima u BiH kao politika koja nije bez vraga.
Granićevo svjedočenje
Svjedočenje Mate Granića u njegovoj knjizi "Vanjski poslovi: Iza kulisa politike" o Izetbegovićevoj ponudi Tuđmanu da uzme "sve što je južno od Prozora" uglavnom se ignorira kao izjava bivšeg ministra "pogrešne politike" ili se pripisuje Izetbegovićevu taktiziranju.Halilović nije usamljen u svjedočenju ni optužbama na račun svoga bivšeg gazde. Jedan od osnivača SDA u Tuzli dr. Muhamed Borogovac u svojoj knjizi "Rat u Bosni i Hercegovini politički aspekti" optužuje Aliju Izetbegovića za trajnu suradnju s KOS-om na poslovima podjele BiH.
