Lisabonski ugovor (potpisan 2007., stupio na snagu 2009.) donio je značajne promjene pravnog i institucionalnog okvira. Navedene promjene posebice su važne za daljnji razvoj Europske unije kao prostora slobode, sigurnosti i pravde. U tom pogledu na prvom mjestu treba spomenuti Povelju o temeljnim pravima. Ona postaje obvezujuća i ima istu pravnu vrijednost kao i Ugovor o Europskoj uniji i Ugovor o funkcioniranju Europske unije, iako ona na kraju nije postala sastavni dio samog teksta Lisabonskog ugovora. Štoviše temeljna prava, kako ih definira Europska konvencija o zaštiti ljudskih prva i temeljnih sloboda, predstavljaju opća načela prava Unije.
Nestanak stupova EU
U dosadašnju organizaciju EU, Lisabonski ugovor unosi nekoliko bitnih novina. Prvo, izmijenjena je unutarnja struktura Unije. Jedna od najvažnijih novina Lisabonskog ugovora je nestanak stupova (od kojih svaki uređuje neko područje nadležnosti Unije), odnosno, spajanje trećeg stupa s prvim i njegovo podvrgavanje nadnacionalnoj metodi suradnje među državama. Pitanja zajedničke vanjske i sigurnosne politike i dalje na izvjestan način ostaju zasebni stup, jer ostaju podvrgnuta metodi međunarodne suradnje. Ukidanjem stupova došlo je do objedinjavanja politike pravosuđa i unutarnjih poslova u jednom jedinstvenom poglavlju posvećenom izgradnji prostora slobode, sigurnosti i pravde. Politika pravosuđa i unutarnjih poslova time više nije podijeljena između dvaju osnivačkih ugovora (Ugovora o osnivanju Europske zajednice i Ugovora o Europskoj uniji) već sada sadržana samo u Ugovoru o funkcioniranju Europske unije. Promjena odnosa između stupova nije isključivo formalne i strukturalne naravi već ima ozbiljne materijalne posljedice, a koje se očituju kroz podvrgavanje suradnje u kaznenim stvarima nadnacionalnoj metodi odlučivanja, promjenom pravnih akata te širenjem nadležnosti Suda Europske unije na nova područja.
Više se neće donositi pravni akti iz trećeg stupa
Sljedeća iznimno važna promjena, a koja je također rezultat ukidanja stupova, odnosi se na vrste pravnih instrumenata kojima će se u budućnosti ovo područje uređivati. To su instrumenti dosadašnjeg prvog stupa: uredbe, direktive i odluke. Više se neće donositi pravni akti iz dosadašnjeg trećeg stupa. Nije došlo samo do promjene naziva akata trećeg stupa već i same naravi pravnih akata kroz koje se politika policijske i pravosudne suradnje ostvaruje. Naime, okvirne odluke i odluke dosadašnjeg trećeg stupa po svojim su definicijama i do sada nalikovale direktivama i odlukama prvog stupa, ali uz jednu važnu razliku – njihov je izravni učinak izričito bio isključen.
Nove ovlasti i novi načini odlučivanja
Lisabonskim ugovorom kaznenopravna slika Europske unije se temeljito promijenila. Europska unija je dobila supranacionalne zakonodavne ovlasti na području kaznenog prava. Stapanje prvog i trećeg stupa, pak, znači da će se o osjetljivim pitanjima kaznene politike i pratećeg prava odlučivati većinski, a ne više jednoglasno, da će donesene odluke, u pravilu, izravno važiti u svim državama članicama te biti nadređene njihovim internim pravnim pravilima, te da će Sud Europske unije steći mogućnost kontrole provode li države pravo nastalo u okviru te europske politike. Dok su ovlasti Komisije, Europskog parlamenta, nacionalnih parlamenata i Suda Europske unije proširene što se tiče politike pravosuđa i unutarnjih poslova u Uniji, inicijativa država članica je i dalje moguća pod određenim uvjetima.
Prostor slobode, sigurnosti i pravde spada u drugu kategoriju tzv. komplementarnih nadležnosti, dakle, onih koje se dijele između Europske unije i država članica. To konkretno znači da Unija nije jedina koja može predlagati donošenje pojedinih propisa već da ona tu ovlast dijeli s državama članicama. Komisija dijeli pravo inicijative u pravosuđu i unutarnjim poslovima sa četvrtinom država članica.
Daljnji razvoj EU
Institucionalne promjene uvedene Lisabonskim ugovorom zasigurno će utjecati na razvoj Europske unije kao prostora slobode, sigurnosti i pravde. Pri tome za podizanje učinkovitosti EU posebno treba istaknuti uvođenje novih institucija. Umjesto rotirajućeg predsjedništva, uvodi se funkcija predsjednika Europskog vijeća kojega će kvalificiranom većinom birati šefovi država na razdoblje od dvije i pol godine. Za očekivati je da će uvođenje „stalnog“ predsjednika Europskog vijeća unaprijediti rad ovog, za strateško usmjeravanje Unije, najvažnijeg tijela. Predsjednik Europskog vijeća trebao bi osigurati kontinuitet i dobru pripremu sastanaka šefova država i vlada, a time značajno doprinijeti daljnjoj konsolidaciji Europske unije. Naravno time i konsolidaciji Europske unije kao prostora slobode, sigurnosti i pravde.
Od institucionalnih promjena vjerojatno je najdalekosežnija ona koja se odnosi na proširenje nadležnosti Suda europske unije na skoro sva područja pravosuđa i unutarnjih poslova. Nadležnost Suda Europske unije proširena je u odnosu na sve djelatnosti Europske Unije osim na zajedničku vanjsku i sigurnosnu politiku. Navedeno će staviti dodatnu odgovornost na Sud Europske unije da svojim odlukama zaštiti građane od neosnovanog zadiranja u njihova prava i slobode. Posebice ako se ima na umu da je primat prava Europske unije potvrđen Lisabonskim ugovorom.
Jačanje demokratskog legitimiteta EU
U pogledu jačanja demokratskog legitimiteta propisa koje donosi Unija iznimno je važna promjena postupka donošenja odluka. Lisabonski ugovor donosi pomak u načinu odlučivanja. Dosadašnja procedura suodlučivanja Europskog parlamenta i Vijeća je znatno proširena i postaje redovni zakonodavni postupak Unije. To znači da će u mnogo većem broju područja u odlučivanje biti uključen Europski parlament. Posebice je važno proširenje suodlučivanja u cjelokupnom „trećem stupu“ koji se odnosi na pravosuđe i unutarnje poslove. Europski parlament postaje potpuno jednak zakonodavac za gotovo sve europske propise. Ugovor tako povećava broj političkih područja na kojima će Europski parlament imati pravo suodlučivanja zajedno sa zemljama članicama. Radi se o osjetljivim područjima kao što su pravosuđe, sigurnost i imigracija. Predviđa se također povećanje broja područja u kojima se odluke donose kvalificiranom većinom umjesto jednoglasno, posebice na području suradnje u pravosuđu i unutarnjim poslovima.
Važna novina za jačanje demokratskog legitimiteta Europske unije očituje se i kroz novu ulogu nacionalnih parlamenata. Svaki nacionalni parlament može izraziti svoje mišljenje o europskim propisima na način da će parlamenti dobiti prijedloge novih propisa kako bi ocijenili zadiru li prijedlozi u njihove nadležnosti (načelo supsidijarnosti). Ako trećina nacionalnih parlamenata bude imala prigovor na neki prijedlog, tada će se on vratiti Komisiji na reviziju. Vrijeme dozvoljeno za nacionalne parlamente za proučavanje nacrta propisa je povišeno od 6 na 8 tjedana. Nova klauzula opisuje sve formalne funkcije nacionalnih parlamenata u odnosu na poslove EU. Nacionalni parlamenti postaju čimbenici u kreiranju politike, a i svojevrstan demokratski garant da će se novim zakonodavnim mjerama poštivati temeljna ljudska prava i vrijednosti na kojima je zasnovana Europska unija.
