Rođen je 21. siječnja 1961. u Zagrebu. S obitelji je živio u Velikoj Gorici gdje je završio osnovnu i srednju školu. Diplomirao je na Fakultetu političkih znanosti u Zagrebu. U početku se bavio fotografijom.
Radio je u Vjesnikovim izdanjima, a od 1991. urednik je u tjedniku Globus. Potkraj 1995. sa skupinom suradnika, među kojima su bili Denis Kuljiš, Jasna Babić, Sina Karli i Maroje Mihovilović, napušta Europapress holding i osniva Nacional u kojemu je glavni urednik do 2000. Uskoro postaje predsjednik Uprave NCL Media Grupe i jedan od njezinih vlasnika.
Bio je jedan od najeksponiranijih i najkontroverznijih novinara. Najviše medijskog utjecaja imao je u drugoj polovici devedesetih kada je otvorio aferu Dubrovačka banka.
Nakon dolaska Račanove koalicije na vlast Pukanić pokreće dnevni list Republiku. U prvih mjesec dana objavljuje informacije u kojima pritišće vlast da uhiti tzv. medijsku zločinačku organizaciju. Te 2000. proglašen je novinarom godine. Republika, međutim, uskoro propada.
Kasnije pokreće neka druga izdanja, a uskoro i novinarsku akademiju. Nagradu za intervju godine dobio je 2003. nakon razgovora s generalom Antom Gotovinom napravljenog na „nepoznatoj lokaciji u jednoj europskoj zemlji“ koji je tada bio u bijegu pred Haaškim sudom.
Uskoro i sam postaje predmet medijskih napisa zbog druženja i prijateljstva s osobama iz krugova koji su se dovodili u vezu s podzemljem kao i zbog obiteljskih razmirica sa suprugom Mirjanom koji su sve češće dospjevali u javnost. Mediji su ga optuživali da ju je prisilno hospitalizirao u psihijatrijsku ustanovu, a njoj se pak sudilo zbog posjedovanja kokaina pronađenog u njihovom zajedničkom stanu.
Pukanić je, zajedno s kolegom Nikom Franjićem, ubijen 23. listopada 2008. u dvorištu zgrade tjednika Nacional. Stradali su od eksplozivne naprave kada su su htjeli ući u Pukanićev automobil.
Napravu je postavio Željko Milovanović, kasnije uhićen u Srbiji, dok je sa snajperom, ukoliko preživi atentat, čekao Bojan Gudurić, koji se poslije sam predao u BiH. Mediji su taj događaj okarakterizirali kao teroristički čin.
Policija je ubrzo pronašla počinitelje tog zločina koji su u sudskim procesima osuđeni na duge zatvorske kazne. Nalogodavac, međutim, još nije razotkriven iako se za to sumnjičilo „duhansku mafiju“ iz Crne Gore i srbijanske kriminalne krugove.
Pukanić je pokopan na groblju u Velikoj Gorici. Njegova supruga Mirjana pronađena je mrtva u svom stanu u siječnju 2012. Njihova kćer Sara povukla se iz medijskog poslovanja.