Rođen je 12. listopada 1955. u mjestu Tkon na otoku Pašmanu kod Zadra. Kada je imao četiri godine na gradilištu obiteljske kuće od eksplozije je poginula njegova majka Ana. Njegov otac Milan se zajedno sa sinovima, Antom i Borom, potom seli u Pakoštane kraj Zadra. Ubrzo se ženi te s drugom suprugom dobiva kćer i sina. Otac se potom seli na rad u Zagrebu, brigu o Anti preuzima teta Marija Miočev.
Sa 17 godina odlazi od kuće. Ukrcao se na brod i otišao. Kući se nije javljao 20 godina, izuzev jedne razglednice. Najprije je radio kao mornar. Početkom 1973. mjesec dana je proveo u utvrdi u starom dijelu Marseillesa, Fort St. Nicolas, u kojem se nalazio regrutacijski centar Legije stranaca. Položio je ispite i potpisao pristupnicu. U legionarskim dokumentima postao je Andrija Grabovac rođen 10. prosinca 1953. Ili broj 151408. Tu je prošao padobransku i ronilačku obuku i postao punopravni član postrojbe. Služio je u 2. padobranskoj pukovniji.
U Legiji je bio od 1. veljače 1973. do 1. veljače 1978. Borio se u raznim zemljama Afrike, 1981. je u Čadu ranjen snajperskim metkom u glavu. Otpušten je u dočasničkom činu narednika. Nedugo potom, Legija ga je ponovno pozvala da se javi u francusko ministarstvo obrane. Tada je dobio ime Toni Monemarte. Postao je instruktor komandosa u zemljama Srednje i Latinske Amerike.
Obučavao je i paravojne postrojbe u Gvatemali. Krajem 1983. u prašumi nedaleko od rijeke Montagua razbolio se od tropske bolesti. Prežvio je tako što je žvakao lišće koke. Za zasluge u Legiji stranaca dobio je francusko državljanstvo.
U kontatima s hrvatskim iseljenicima u Argentini saznanje za proglašenje hrvatske samostalnosti, a kada je na CNN-u vidio reportažu o masakru hrvatskih redarstvenika u Borovu, odlučuje se na povratak u Hrvatsku. U lipnju 1991. stiže iz Buenos Airesa u zagrebačku zračnu luku. Odmah se priključuje Zboru narodne garde. U lipnju je načelnik za operacijske i nastavne poslove 1. gardijske brigade. U srpnju je postavljen za zapovjednika izvidničke satnije u toj brigadi. Sudjeluje u teškim borbama u zapadnoj Slavoniji .
Nakon ranjavanja i oporavka, od veljače do svibnja je zamjenik zapovjednika posebne postrojbe pri Glavnom stožeru HV-a. Od svibnja do listopada 1992. je zapovjednik HVO-a Livno, gdje su kod Rujana zaustavljene srpske snage. Jedan je od glavnih zapovjednika u akciji Maslenica. Te godine dobija čin brigadira. Od 9. listopada 1992. zapovjednik je Zbornog područja Split.
Voditelj je operacija kojima su tijekom desetak mjeseci slamane srpske snage u Livanjskom polju, te na obroncima Dinare i Šatora. Nakon zauzimanja Glamoča i Bosanskog Grahova, Knin je dospio u poluokruženje, čime su se stekli uvjeti za početak Oluje. U toj oslobodilačkoj operaciji zapovjednik je Južnog sektora. Postrojbe pod njegovim zapovjedništvom drugog dana Oluje, 5. kolovoza 1995. ulaze u Knin.
U tom gradu održava glasoviti sastanak sa zapovjednicima tražeći od njih vojnu disciplinu uoči posjeta predsjednika Tuđmana. Tada je već s činom general pukovnika. U drugoj polovici 1995. zapovjednik je združenih snaga HV-a i HVO-a u akcijama Maestral i Južni potez kojim su hrvatske snage došle na udaljenost od 23 kilometra od Banja Luke. Predsjednik Tuđman imenovao ga je 12. siječnja 1996. za glavnog inspektora Hrvatske vojske.
Još tijekom Oluje, švedski ministar vanjskih poslova Carl Bildt dao je izjavu da je Knin „prekomjerno granatiran“. Haaško tužiteljstvo ubrzo počinje s istragom o zločinima počinjenima tijekom i nakon ratnih operacija. 1998. zatražili su razgovor s Gotovinom. Tadašnja vlada je to odbila jer je u tijeku bio pravni spor oko nadležnosti tog tribunala za operacije Bljesak i Oluja.
Nakon promjenom vlasti 2000. prije nego što je završen taj sudski spor u Haagu, Sabor donosi Deklaraciju kojom se dopušta istraga nad tim operacijama. Zbog potpisivanja Otvorenog pisma dvanaestorice hrvatskih zapovjednika kojim se tražilo zaustavljanje kriminalizacije generala i Domovinskog rata, predsjednik Mesić umirovio je 28. rujna 2000, uz druge, i generala Gotovinu.
Haaški sud podiže 2001. optužnicu protiv generala Gotovine po široko tumačenoj zapovjednoj odgovornosti zbog navodnog planiranja etničkog čišćenja i ratnih zločina. Gotovina tada napušta Hrvatsku. Tadašnja glavna haaška tužiteljica Carla del Ponte optužuje u više navrata hrvatsku vlast da skriva Gotovinu i podupire njegov bijeg. Tražila je pomoć i od Vatikana jer je tvrdila da se odbjegli general skriva u nekim samostanima po Hrvatskoj.
U medijima su se objavljivale tvrdnje da je viđen u Brelima, u Hercegovini koje su se pokazale lažnima. Uoči otvaranja hrvatskih pregovora s EU, konstruiran je navodni sastanak generala Gotovine s navodnim hrvatskim pregovaračem u okolici Mostara.. Iako izmišljene, te priče su iskorištene za odgodu početka hrvatskih pregovora s EU.
Gotovina je uhićen 7. prosinca 2005. u restoranu hotela Bitacora u mjestu Tenerife na Kanarskom otočju u Španjolskoj. Bio je u pratnji australskog Hrvata Joze Grgića „Jablana“. Tada je koristio putovnicu na ime Kristijan Horvat. 9. prosinca prebačen je u UN-ov zatvor u Sheveningen, u Haagu. Suđenje je počelo 11. ožujka 2008. U prvostupanjskoj presudi od 5. travnja 2011. osuđen je na 24 godine zatvora kao sudionik udruženog zločinačkog pothvata zbog djela progona, deportacije, pljačke, razaranja...
Presuda se temeljila na tezi o prekomjernom granatiranju Knina. Žalbeno vijeće Haaškog suda donijelo je 16. prosinca 2012. oslobađajuću presudu. Gotovina i Markač, odmah su izišli na slobodu. Vladinim su zrakoplovom stigli u Zagreb. Dočekalo ih je 100 tisuća ljudi. U zemlji je zavladalo oduševljenje.
Iako su to neki očekivali, Gotovina je nakon povratka najavio da se neće baviti politikom. „Rat je iza nas“, kazao je. Rekao je da će se posvetiti poduzetništvu, uzgoju tune. Proglašen je počasnim građaninom Splita, Zadra, Osijeka. Dobitnik je najviših državnih odlikovanja.
Dok je bio u Kolumbiji sredinom osamdesetih bio je oženjen s Ximenom Dalel s kojim ima odraslu kćer. Bio je u vezi s novinarkom Vesnom Karuzom koja je 1994.rodila njihovu kćer Anu. Nisu se vjenčali. Gotovina je kćer priznao i brine se za nju. Oženio se 1995. s tadašnjom šeficom kabineta ministra obrane Gojka Šuška Dunjom Zloić, s kojom ima sina Antu. Ana i Ante već godinama zajedno ljetuju u Pakoštanima, a zajedno provode puno vremena i u Gotovininoj kući na zagrebačkom Srebrnjaku.
Impresivna biografija. Nadam se da je i istinita.