Uz osiguranje visoke zaštite zdravlja i potrošača, jedan je od glavnih ciljeva ove politike i zaštita zdravlja i dobrobiti životinja te zdravlja bilja. Posebno su važni sigurnost hrane, pravila higijene za proizvodnju hrane i detaljna veterinarska pravila.
• Tradicionalni proizvodi poput sira i vrhnja i dalje će se moći proizvoditi. U proizvodnji i prodaji takvih namirnica morat će se poštovati higijenski uvjeti, što će pridonijeti većoj kvaliteti i sigurnosti.
• Svi proizvodi na hrvatskom tržištu morat će udovoljavati visokim europskim standardima sigurnosti hrane.
• U području veterinarstva unaprijedit će se uzgoj životinja na farmama, kao i sustav označavanja životinja; tako će se smanjiti trgovina životinjama „na crno“, bez veterinarske kontrole.
Hrvatskoj je na njezin zahtjev odobreno zadržavanje kaveza za kokoši nesilice koji nisu u skladu s propisima EU do najdulje 12 mjeseci nakon pristupanja; rad objekata u poslovanju s hranom životinjskog podrijetla (u sektoru mesa, mlijeka i ribe) koji nisu usklađeni s europskim standardima do 31. prosinca 2015.; uspostava, po pristupanju Uniji, posebnog režima prolaska kroz tzv. neumski koridor pošiljki proizvoda životinjskog podrijetla koje podliježu propisima Unije.