Budući da se već dulje vrijeme opet raspravlja o Alojziju Stepincu u pogledu njegove kanonizacije i uloge za vrijeme NDH, nije naodmet istaknuti neke manje poznate činjenice u široj javnosti, da bi se dobila što šira slika zašto je Stepinac bio osuđen od komunističkih vlasti. Poznato je da je nakon završetka Drugoga svjetskog rata Katolička crkva bila jedan od najljućih i najopasnijih protivnika Titu i Komunističkoj partiji. Iako nije bila politička stranka, Tito ju je takvom doživljavao. Tito je Crkvu najprije pokušavao pridobiti, a glavni cilj mu je bio da je odvoji od Vatikana i da on bude njezin neformalni poglavar. Kad mu to nije uspjelo, izravno se sukobio s njom. Smetale su njemu sve crkve, ali najviše Katolička. Glavna zapreka Titu u podjarmljivanju Katoličke Crkve bio je zagrebački nadbiskup Alojzije Stepinac. Zato ga je Tito dao uhititi već 17. svibnja 1945., ali je ubrzo pušten. Stepinac se nakon toga pojavljuje u javnosti s komunističkim vrhom, na zagrebačkom uličnom mimohodu, a u srpnju 1945. kao gost sudjeluje na otvaranju Četvrtog zasjedanja ZAVNOH-a u zagrebačkoj sabornici, što je u javnosti malo poznato.
Sve to vrijeme Tito je pokušavao pridobiti Stepinca, ali neuspješno. Stepinac je bio posve odan Vatikanu, ali bio je smetnja i zato što se bespogovorno suprotstavio komunističkim likvidacijama, uhićenjima, konfiskaciji imovine, ateističkoj promidžbi... Stoga ga je ipak trebalo uhititi, osuditi i zatvoriti. Kako bi se pripremio teren za njegovo uhićenje, protiv njega je najprije pokrenuta medijska huškačka propaganda, koja ga je u narodu trebala prikazati kao jednog od najvećih ratnih zločinaca. Odluku o suđenju donio je Tito osobno, što je posvjedočio tadašnji javni tužitelj Hrvatske Jakov Blažević: „Tito je bio na Bledu, bio je i Kardelj... Hrnčević je bio javni tužilac Jugoslavije, ja sam bio javni tužilac Hrvatske. Tito je pozvao nas dvojicu na Bled, gdje smo čitav dan razgovarali kako da postavimo optužnicu i krivično gonimo Stepinca.“ Prema drugom Blaževićevu sjećanju, Tito je na Bledu „presjekao“ i rekao: „Gonite ga.“ Povjesničari drže kako je jedan od razloga za takvu Titovu odluku mogla biti i činjenica što je u srpnju 1946. osuđen i pogubljen četnički vojvoda Draža Mihailović pa je trebalo smiriti revolt Srba, za što je Stepinac dobro došao. Nadbiskup Stepinac uhićen je 18. rujna 1946., a Tito je bio upoznat sa zapisnikom s njegova saslušanja. Osuđen je vrlo brzo, 11. listopada iste godine. Kako suđenje ne bi dobilo prizvuk političkog procesa, suđeno mu je s bivšim dužnosnicima režima NDH za ratne zločine.
U Arhivu Josipa Broza Tita koji se čuva u Arhivu Jugoslavije u Beogradu sačuvano je dosta dokumenata koji svjedoče o Titovim izravnim intervencijama, kao i da je o svim važnim stvarima bio redovito i detaljno obavještavan. Jedan od ključnih dokumenata jest Titov dnevnik koji je kratko vodio. U njemu na dva mjesta piše o Stepincu. Štoviše, to je još jedan, dodatni dokaz da je Tito bio glavni nalogodavac Stepinčeva suđenja i utamničenja, a i nakon njegova zatvaranja pomno je pratio što se s njime zbivalo. Tako u svom dnevniku za dan 20. studenoga 1950. otvoreno piše: „Danas sam javio Ministru Unutrašnjih poslova Hrvatske da obustavi daljnje posjećivanje Stepinca sa strane raznih stranaca i da mu se u vezi sa štednjom najlakše obustavi razne beneficije u ishrani koje je do sada uživao. Postao je prilično drzak otkako ga počeše stranci posjećivati.“ Tjedan dana poslije Tito ponovno u dnevniku spominje Stepinca: „Američki Ambasador je danas tražio hitni sastanak po nalogu svoje Vlade. Mislio sam da će biti možda neka nova ponuda za naoružavanje i primio sam ga u 5 sati poslije podne. Na moje veliko iznenađenje počeo je prvo veliki, patetički uvod o nekoj ‘neugodnoj misiji’, a ispostavilo se da je stvar u tome: ‘Američka Vlada je zabrinuta o ishodu diskusije u Senatu u vezi sa davanjem pomoći Jugoslaviji, jer će republikanci vjerojatno postaviti kao uvjet puštanje Stepinca na slobodu.’ Ambasador je dugo objašnjavao kako bi se to moglo vrlo dobro udesiti još prije sjednice Kongresa, ‘da se Stepinac premjesti u neki manastir’, da se ‘prebaci preko granice’ itd. Ja sam bio vrlo kategoričan u svome odbijanju i rekao sam da to proturječi njihovim željama da mi budemo čim slobodniji u obrambenom smislu, jer takav postupak izazvao bi veliko negodovanje kod pravoslavnog stanovništva s jedne strane, a s druge strane narod bi to shvatio kao uvjet i ne bi se složio sa time.“
Koliko je Tito bio zainteresiran za Stepinca, dovoljno govore i izvješća Udbe za NR Hrvatsku koja su mu redovito dostavljana.
U jednom od tih izvješća nalazi se i tekst razgovora koji je 5. prosinca 1951. sa Stepincem vodio tadašnji Vjesnikov urednik i novinar Frane Barbijeri. Na vrhu prve stranice Aleksandar Ranković, potpisan kao Marko, Titu je napisao da je to razgovor sa Stepincem „u kome se ovaj naš novinar upustio malo u nepotrebnu diskusiju“ te da je zato „objavljeno samo ono što je nama odgovaralo.“ Tog je dana, 5. prosinca, Stepinac prebačen iz lepoglavske kaznionice u kućni pritvor u Krašić. Trebao je to biti Titov znak popuštanja. Stepinac je i tada dobio Titovu ponudu da ode iz zemlje, što ovaj nije prihvaćao, jer je znao da ga nikad ne bi pustili natrag. Vrhunac Titova sukoba s njime i Vatikanom dogodio se 29. studenoga 1952., kad je Stepinac imenovan kardinalom Svete Rimske Crkve. Bila je to prekretnica koja je dovela do raskidanja diplomatskih odnosa između Jugoslavije i Svete Stolice.
Prvo su Josip Broz i Alojzije Stepinac razgovarali. To je vrijeme staljinizma u Jugoslaviji i već su u cijelom sovjetskom bloku krenula proganjanja lokalnih vrhova Katoličke crkve. Broz i Stepinac nisu se dogovorili. Uhićenjem Eriha Lisaka koji je namamljen od strane lažne usta ške radiostanice na Papuku došao u Jugoslaviju stvoren je povod za pritisak na Stepinca a kasnije i za suđenje.