Intolerancija na gluten može izazvati značajnu nelagodu, proljev, nadutost, bolove u trbuhu i druge simptome koji se javljaju nakon konzumacije namirnica koje sadrže gluten, poput tijesta, keksa, piva i sl. Spomenuti se simptomi obično povlače kada osoba izbaci gluten iz prehrane. Često se poistovjećuje s celijakijom, no to nije isto jer je celijakija autoimuna bolest koja zahtijeva konstantno praćenje. Ovo su najčešći simptomi intolerancije na gluten.
Proljev i zatvor: Osobe s dijagnozom intolerancije na gluten često imaju simptome slične sindromu iritabilnog crijeva, poput proljeva i zatvora. Povremene probavne smetnje su normalna pojava, no ako su učestale mogu ukazivati na ozbiljan zdravstveni problem. I osobe s celijakijom mogu imati proljev i zatvor te stolicu neugodnog mirisa zbog loše apsorpcije hranjivih tvari.
Nadutost: Nadutost je još jedan uobičajen simptom intolerancije na gluten. To se odnosi na osjećaj punog trbuha te velike nelagode, a često je praćen nakupljanjem plinova. Kod intolerancije na gluten, nadutost se može pojavljivati vrlo često i nije nužno povezana s količinom pojedene hrane.
Bol u trbuhu: Bol u trbuhu može imati različite uzroke, uključujući želučanu gripu, plinove i žgaravicu. No, osobe s intolerancijom na gluten često prijavljuju učestale bolove u trbuhu bez nekog jasnog uzroka.
Umor: Umor je još jedan simptom koji može biti teško identificirati jer ga može uzrokovati mnogo različitih faktora, ne nužno povezanih s nekim medicinskim stanjem. No, osobe s intolerancijom na gluten mogu osjećati stalni umor koji ometa svakodnevno funkcioniranje.
Mučnina: Mučnina je također čest simptom ove zdravstvene tegobe, posebno nakon obroka koji sadrže gluten. Mučnina može imati mnogo uzroka, ali ako se često javlja nakon konzumacije glutena, može biti znak intolerancije.
Glavobolje: Redovite glavobolje su još jedan simptom koji se može pojaviti kod ljudi s intolerancijom na gluten. Za njih okidač mogu biti i druga zdravstvena stanja pa, ako se učestalost ne smanjuje, svakako potražite pomoć liječnika.
Ostali simptomi: Osobe s intolerancijom na gluten mogu redovito doživljavati i pomalo nesvakidašnje simptome, koje na prvu ne bismo povezali s probavnim sustavom, poput bolova u zglobovima, depresije, 'magle u mozgu', fibromialgije, dermatitisa i anemije.