Nakon promjene društvenog uređenja 1990. iz socijalizma u tranziciju prema kapitalizmu, bilo je jasno da će se sustav obrazovanja morati prilagoditi zapadnoeuropskome. Hrvatska je 2001. potpisala Bolonjsku deklaraciju i tada je počeo proces reforme visokog obrazovanja. Usklađivanje preddiplomskih, diplomskih i stručnih studija s bolonjskim načelima dogodilo se 2005., kada su upisani i prvi bolonjski studenti. Od 2005. do 2009. restrukturirani su i poslijediplomski studiji.
Upravo u tom razdoblju dolazi do porasta broja novoosnovanih visokih učilišta, pa je tako osnovano 30 visokih učilišta, od čega najviše privatnih visokih škola, a i velik broj javnih veleučilišta uglavnom na područjima od posebne državne skrbi u skladu sa strateškim opredjeljenjem Hrvatske za policentričnim razvojem visokog obrazovanja. Osnovana su i prva privatna sveučilišta – Hrvatsko katoličko sveučilište (2006.), DIU Libertas međunarodno sveučilište (2008.) i Sveučilište Sjever (2012.)
Bolonjska deklaracija u Hrvatskoj nije ispunila svoj temeljni cilj, a to je da se trajanje visokog obrazovanja, podijeljenog na tri ciklusa – preddiplomski, diplomski i doktorski (3+2+3), skrati. Naprotiv, vrijeme do prve diplome se produljilo jer je "Bolonja" zamišljena da prvom titulom – bachelor, omogućava mladima stručnost na tržištu rada, što se u Hrvatskoj nije dogodilo. Poslodavci preddiplomske studije uglavnom ne prepoznaju i traže diplomsku razinu znanja.
Uvriježeno je mišljenje da su u Hrvatskoj javne visokoobrazovane institucije ( 7 sveučilišta, 11 veleučilišta, 3 visoke škole) kvalitetnije od privatnih visokoškolskih ustanova (3 sveučilišta, 3 veleučilišta i 21 visoka škola). Svako obrazovanje, osnovnoškolsko i sveučilišno, nije besplatno nego je naprotiv vrlo skupo, ali je ulaganje u njega za svako društvo najbolja investicija.
Od 2008. u Hrvatskoj Agencija za znanost i visoko obrazovanje počinje s vanjskim vrednovanjem postojećih visokih učilišta. Do 2013. reakreditirana su visoka učilišta koja izvode programe iz polja ekonomije, tehničkog i biotehničkog područja te većina privatnih visokih učilišta pa je lako dobiti informacije o tome koja su učilišta kvalitetnija te je u tijeku reakreditacija iz područja društvenih i humanističkih znanosti.
Agencija za znanost i visoko obrazovanje od 2010. provodi postupke vanjske periodičke prosudbe sustava osiguranja kvalitete visokih učilišta. Od ukupno 120 visokih škola, 33 visoka učilišta su evaluirana u petogodišnjem ciklusu. Postupak je završen za 23 učilišta od čega je 11 zadovoljilo kriterije, dok je za još 10 postupak u tijeku. Visoka učilišta dobila su certifikat da su ustrojili učinkovit unutarnji sustav osiguranja kvalitete koji čini potporu upravljanju institucijom i ispunjavanju prihvaćenih strateških ciljeva.
Radi se o Fakultetu elektrotehnike i računarstva Sveučilišta u Zagrebu, Fakultetu organizacije i informatike Sveučilišta u Zagrebu, Građevinskome fakultetu Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku, Medicinskome fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, Sveučilištu u Dubrovniku, Sveučilištu u Rijeci, Tehničkome fakultetu Sveučilišta u Rijeci, Veleučilištu u Rijeci, Veleučilištu VERN’, Visokom gospodarskome učilištu u Križevcima i Visokom učilištu Algebra - visoka škola za primijenjeno računarstvo.
Hrvatska zaostaje s ulaganjima u obrazovanje iako je ono ključno za pokretanje gospodarskog rasta svake države. Prema dostupnim podacima, Hrvatska za obrazovanje izdvaja oko 3.5 posto BDP-a, dok je prosjek EU država 4.5 posto. Problem je što najviše novca odlazi na hladni pogon, odnosno na plaće te studentski standard (prehrana i smještaj), dok se za istraživanja i razvoj izdvaja mizernih 0,7 posto. Za razvoj i istraživanja na razini EU izdvaja se u prosjeku 2,7 posto.
Upravo zbog manjka novca za istraživanja i razvoj, Zagrebačko sveučilište koje slovi kao najbolje hrvatsko sveučilište, lani je ispalo s ljestvice prvih 500 sveučilišta u svijetu. Na ljestvici Academic Ranking World Universites (ARWU) prvi put se pojavilo 2011. godine.
Usporedbe radi, Sveučilište u Beogradu nalazi se između 301. i 400. mjesta, dok se Sveučilište u Ljubljani nalazi između 401. i 500. mjesta.
