Zaštita voda zasigurno je jedno od ključnih područja zaštite okoliša koje ima jednaki prioritetni status i na razini Europske unije i u Hrvatskoj – vode su resurs nužan za život, a onečišćenja imaju dugoročne posljedice i na ljudsko zdravlje i okoliš. Pravna stečevina u području voda fokusira se na načine njena korištenja (voda za piće, kupanje, ribogojstvo), sprječavanje onečišćenja mora (prvenstveno na onečišćenja prouzročena brodskim prometom), upravljanje regionalnim slivovima te ispuštanje različitih tvari u vode. Sve su to područja od interesa i za Hrvatsku.
Pitanje daljnje i bolje zaštite voda neprekidno je aktualno. U zaključcima Vijeća ministara za okoliš u lipnju prošle godine navedeno je da su dostupnost i odgovarajuća kakvoća voda neophodni za održivi razvitak i „zeleno gospodarstvo“ te da je i dalje ugrožena rastom broja stanovnika, urbanizacijom, onečišćenjem, pretjeranim korištenjem, dezertifikacijom i klimatskim promjenama.
Okvirna direktiva o vodama smatra se ključnim propisom zaštite voda i jednom od najzahtjevnijih u zaštiti okoliša jer obuhvaća sve aktivnosti s ciljem postizanja dobrog statusa europskih voda do 2015. godine, kada bi i Hrvatska već trebala biti dio Europske unije. U gospodarskom smislu, ova direktiva omogućava da se okolišni ciljevi usklađuju s ekonomskim i socijalnim kako bi aktivnosti bile održive, odnosno provedive; isto tako podržavaju se različiti financijski i ekonomski instrumenti za postizanje okolišnih ciljeva, poput poreza ili korekcija cijena vode. Iz tog razloga postoji mogućnost kako će ulaskom u Europsku uniju, radi dostizanja standarda zaštite u smislu vodoopskrbe i pročišćavanja voda, cijena vode i u Hrvatskoj biti korigirana.
Hrvatska je kroz pregovore o pristupanju prihvatila pravne propise Europske unije, no ne u potpunosti. Hrvatskoj su odobrena određena prijelazna razdoblja za financijski vrlo zahtjevne mjere. Tako je primjerice kao rok za izgradnju sustava odvodnje i pročišćavanja komunalnih otpadnih voda određen kraj 2023. godine. Propisana kakvoća voda za piće prema mikrobiološkim parametrima mora biti postignuta do kraja 2018. godine, što znači da do tada mora biti dovršena izgradnja sustava javne vodoopskrbe prema europskim standardima. Dodatno, danom pristupanja, Hrvatska može zatražiti dodatne tri godine od dana pristupanja Europskoj uniji za produljenje roka za postizanje propisanih kemijskih parametara vode za piće.
Kako bi se osigurala zaštita površinskih i podzemnih voda od onečišćenja nitratima koji su posljedica poljoprivrednih aktivnosti, Hrvatska će do pristupanja izraditi akcijski plan za izgradnju spremnika za stajski gnoj na poljoprivrednim gospodarstvima prije nego se koristi na poljoprivrednim površinama. Spremnici moraju biti dovršeni u roku od četiri godine od dana pristupanja.
Konačno, vrlo važno pitanje financiranja. Tijekom pretpristupnog razdoblja korištena su sredstva kroz programe ISPA i IPA. Kroz prvi program, a uz sufinanciranje nacionalnim sredstvima, provodio se projekt za vode i otpadne vode Karlovac, ukupne vrijednosti čak 36 milijuna eura. Kroz program IPA za razdoblje od 2007. do 2011. godine odobreno je 47,7 milijuna eura za projekte koji se odnose na izgradnju sustava vodoopskrbe, odvodnje i pročišćavanja, poput onih u Slavonskom Brodu, Drnišu i Kninu (www.voda.hr). Nakon pristupanja, ulaganje u vodnu infrastrukturu ostaje prioritet financiranja u zaštiti okoliša kroz strukturne fondove, kao što je to slučaj i s gospodarenjem otpadom.