Kao i u SAD-u, i u Japanu je bilo vrlo različitih alternativnih autora koji su stvarali mimo onoga što se objavljivalo u hotimično odbojnim časopisima kao što su bili Garo i AX.
Ti su ljudi radili za važnije časopise i radili su također privlačne iako ne toliko osobne stripove. Tako je, na primjer, Takako Shimurin Horo Musuko (Lutajući sin, 2002. do danas) priča o dvoje osnovnoškolske djece, o dječaku koji želi postati djevojčica i o djevojčici koja želi postati dječak (kako je to opisala Shimura), sve dok ne uđu u pubertet i ne počnu preispitivati svoj spolni identitet – zapravo istančana i neodoljiva priča o izazovima s kojima se susrećemo kroz djetinjstvo.
Iako je taj strip bio objavljen u alternativnom seinen (muškom) časopisu Comic Beam, Shimura je svom materijalu pristupala jednako intimno i realistično kao da se radi o najboljim josei (ženskim) mangama. Androgini, transrodni likovi i oni koji mijenjaju spolove (kao u Ranma ½) već su dugo bili uobičajeni u mangama, no takvi likovi uglavnom nisu imali veze s iskustvima stvarnih osoba promijenjena spola u stvarnom svijetu. Pitanja promjene spola obično su bila predstavljena kao prolazna u životu odabranih likova. Shimura je bila prva koja je ponudila hvalevrijedan odmak od tog trenda i počela svoje transrodne likove tretirati kao vrlo složene likove koje definira mnogo više toga od potrebe za promjenom spola.
Dok su tvorci stripova u Americi tražili inspiraciju u radovima Katsuhira Otoma, Kazua Koikea i Gosekija Kojime, japanski su urednici nove ideje tražili na Zapadu. I baš kad je Karen Berger iz DC-ja pokušala osvježiti američki strip uz pomoć talentiranih crtača iz Velike Britanije, urednici u Kondashinom časopisu Morning pokušavali su pomladiti japanski strip kroz program uvoza inozemnih crtača. U sklopu tog programa, od 1989. do 1998., objavljena je i posebna antologija kratkih radova stranih crtača, Pierre et Ses Amis, zamišljena kao startno polazište budućih suradnji. Urednici Morninga tražili su na sve strane i dovodili crtače u Japan da svoje nove radove naprave pod paskom uredništva Morninga. To je rezultiralo objavljivanjem Baruova stripa Autoput sunca (1995.) i Baudoinova Le Voyage (1996.)
Ti su programi doveli i do izravne suradnje japanskih crtača i njihovih inozemnih kolega. Tako je gekiga crtač Jiro Taniguchi radio s Moebiusom na nezavršenom Ikaru I i Ikaru II (2003. i 2004.). Najbolji Taniguchijev rad, ujedno i strip kojime je stekao međunarodnu slavu, bio je Šetač (Aruku Hito, 1990.-1992.). Sam Taniguchi je primijetio kako je Šetač jako dobro primljen u Europi, dok su ga prilično hladno primili u njegovu rodnom Japanu: “Čini se da u Japanu ne mogu prihvatiti mangu ako u njoj nema jake priče. Šetač se samo nađe u određenim situacijama.” Njegova zbirka Todo no Tabibito (Čovjek koji je lutao ledom i druge priče) objavljena 2005. zapravo su bili sakupljeni stripovi koje je objavljivao od 1994. do 2003. godine. U toj zbirci bio je vidljiv još jedan jak utjecaj. Bile su to priče Jacka Londona o preživljavaju u divljini Aljaske. Taiyo Matsumoto pokušao je balansirati između složenih i neobičnih akcijskih priča – Tekkon Kinkuriito (Tekkon Kinkuriito: Crno i bijelo, 1993.) i No. 5 (2000.) te polurealističnih, literarnih stripova Aoi Haru (Tužno proljeće, 1993.) i Gogo Monster (2000.), a posebno ga je zanimalo spajanje najzanimljivijih aspekata stilova stripa s drugih strana svijeta.
Matsumoto je tražio inspiraciju i u dječjoj književnosti, kao i u mangama, a osobita naklonost prema djeci vidljiva je i u njegovim stripovima. Gogo Monster je intrigantan strip, bogat nadrealnim imaginarijem, koji pokazuje koliko se dijete može osjećati izoliranim u zastrašujućem okruženju vlastite škole. Nagovještaji da postoje sile i u drugim razinama stvarnosti vidljivi su u sjenama koje se stalno vide, ali možda su tek rezultat fantazija koje se javljaju u glavi uznemirenog djeteta.
Crtači kao Taniguchi i Matsumoto i dalje pokušavaju doći do publike izvan granica svoje zemlje, u Europi i u SAD-u, kroskulturalna inspiracija i dalje hrani nove i zanimljive stripove – pogotovo kako sve više jača web-izdavaštvo.
U Italiji je alternativni fumetti devedesetih godina uglavnom posustao. U ovo vrijeme talijanskim stripom dominirao je pomlađeni mainstream – popularnih žanrovskih naslova kao što su bili zagonetno-pustolovni serijal Martin Mystère, horor-detektivski Dylan Dog i sci-fi triler Nathan Never – a razvilo se i veliko tržište za prevedene mange. Italija se konačno uključila u međunarodnu strip alternativu 2000. kad je nekadašnji pripadnik Valvoline grupe Igort pokrenuo Coconino Press.
Izdavačka kuća koja je dobila ime po Coconino Countyju, mjestu radnje stripa Krazy Kat Georgea Herrimana, počela je za talijansku čitateljsku publiku objavljivati stripove europskih, američkih i azijskih autora, ali je i crtačima s talijanske neovisne scene, kao što su bili Francesca Ghermandi, Marco Corona, Sergio Ponchione, Leila Marzocchi, Gabriella Giandelli i Gipi omogućila izlaz na međunarodnu scenu. Izdavačka strategija kuće posebno je vodila računa o sve jačoj prisutnosti grafičkih romana. Serijal Ignatz bio je časopisnog formata, u svakom albumu bio je predstavljen jedan autor, a strip se tiskao na vrhunskom papiru, a autori su rijetko imali priliku svoje stripove rastegnuti u više nastavaka.
Kako je na čelu izdavačke kuće bio cijenjeni autor, Coconino je nudio strip-autorima kreativnu slobodu i veliko razumijevanje. “Taj osjećaj, da svi dijelimo zajedničku viziju o tome kako treba pričati priču i da smo svi iskusili kojekakve nedaće pri crtanju stripova, doista nas je privuklo jedne drugima”, rekao je Gipi. Strip-crtači talijanske alternative našli su se negdje između književno-autobiografskih utjecaja Francuza, s jedne strane, i slikarsko-grafičkih utjecaja njemačkih crtača grupe Frémok, s druge strane. S jakom nacionalnom tradicijom stripova za odrasle, ali bez snažne, dominantne industrije koja će se pobuniti protiv Francuza, talijanski su strip-crtači pokušali prirodno sroditi vlastite, osobne stilizacije, s formama dužih narativnih priča, sa žanrovskim elementima, ali tako da su ti stripovi sadržavali i ozbiljne teme. Na primjer, Igortov je strip 5 je savršen broj (5 è il Numero Perfetto, 2002.) bio mafijaška priča o osveti s početka 70-ih koja je podsjećala na gangsterske filmove tog razdoblja, s izraženom akcijskom linijom, ali je taj klasični sadržaj bio suprotstavljen eksperimentalnom grafičkom stilu i upotrebi samo dviju boja.
Među autorima koji su uspjeli postići najveći međunarodni uspjeh, zahvaljujući Coconinu, bio je Gipi. Njegov grafički roman Bilješke za ratnu priču (Appunti per una Storia di Guerra) dobio je nagradu za najbolji album na festivalu u Angoulêmeu 2006. U tradiciji Huga Pratta, Joséa Muñoza i Barua, njegov je crtež bio grub i uglast, podsjećao na karikaturu, a bojio ga je laviranim tušem. U svojim je pričama opisivao prijateljstvo adolescenata i mladića u grubim i siromašnim sredinama. U stripu Bilješke za ratnu priču tri prijatelja priključuju se organiziranom kriminalu u nekoj ratom iscrpljenoj, neimenovanoj europskoj državi. U prepletanju divljaštva, humora i emocija, kod Gipija je vidljiv utjecaj Pazienzina Zanardija.