Rođen je 15. studenog 1957. u Poreču. Njegov otac Božo je bio agronom i enolog. Majka mu je Austrijanka. Osnovnu i srednju školu pohađao je u Poreču. U srednjoj školi je htio ući u Partiju ali mu nisu dali jer je išao u crkvu. Razrednik mu je bio prevoditelj Mate Maras.
Bavio se sportom, košarkom i odbojkom. Kao pionir nastupao je za hrvatsku odbojkašku reprezentaciju. Diplomirao je 1980. na Fakultetu za vanjsku trgovinu u Zagrebu. Odmah nakon odsluženja vojnog roka 1981. se zaposlio u velikom socijalističkom poduzeću, Pazinki, na mjestu menadžera za dizajn, marketing i izvoz zidnih tapeta.
Proputovao je cijelu Europu, bio u Chicagu, Moskvi. U poslu mu je pomoglo znanje stranih jezika. Govori engleski, njemački, talijanski i francuski. 1987. napušta taj posao i za pet radnih dana osniva privatnu tvtku u Austriji gdje je njegova majka imala nekretninu.
Bila je to uvozno-izvozna tvrtka koja se bavila kartonskom ambalažom, sličnom galanterijom i strojevima. Bio je zastupnik za istočnu Europu četrdesetak tvrtki iz zapadne Europe i SAD-a. Putovao je po cijeloj bivšoj Jugoslaviji. Samo u Drnišu je bio 30 puta. Godišnje je automobilom prelazio po sto tisuća kilometara. I tako pet godina zaredom. Kaže da je zarađivao po nekoliko stotina tisuća maraka godišnje.
Na tim putovanjima je vidio da se sprema rat. Vraća se nakon demokratskih promjena 1990. Kaže da nije mogao odoljeti političkom zovu. Učlanio se u IDS 19. siječnja 1991. Šest mjeseci kasnije postao je predsjednik te stranke. Prvi put se kandidirao na parlamentarnim izborima 1992. u izbornoj jedinici koju su činili Pazin, Labin i Opatija. Pobijedio je i postao saborski zastupnik.
Na lokalnim i regionalnim izborima 7. veljače 1993. osvojili su 73 posto glasova u Istri. Bio je član skupštine Županije istarske.
Zastupnički mandat osvojio je i 1995. te 2000.
Nakon pobjede koalicije predvođene SDP-om ulazi u vladu Ivice Račana i postaje ministar europskih integracija. Zbog nesuglasica u koaliciji IDS izlazi iz vlade 2001.
Jakovčić podnosi ostavku. 2001. je izabran za župana. Tu dužnost obnaša u tri mandata.
Najdugovječniji je čelnik neke stranke. Na čelu IDS-a nalazi se već šesti mandat.
Bio je predsjednik Jadranske euroregije. Od 2003. do 2007. bio je zamjenik predsjednika Skupštine Europskih regija u dva mandata.
2010. austrijski predsjednik Heinz Fischer mu dodjeljuje „Veliko zlatko odličje s Danicom zbog zasluga za Republiku Austriju“. Te godine predsjednik Stjepan Mesić odlikovao ga je Redom Ante Starčevića za „doprinos održanju i razvitku hrvatske državotvorne ideje“.
Odlikovao ga je i talijanski predsjednik Giorgio Napolitano dodijelivši mu „Grande Ufficiale I. Classe“. Dobio je i priznanje Autonomne pokrajine Vojvodine za toleranciju.
Te godine je na tržište u suradnji s Jamnicom izbacio jedan bezalkoholni napitak.
Nakon pobjede Kukuriku koalcije 2011. IDS opet ulazi u vladu. Unatoč tome često se sukobljava s čelnikom SDP-a Zoranom Milanovićem. Razišao se i s nekad najbližim suradnikom Damirom Kajinom, koji mu je svojedobno bio i jamac za kredit.
Sukob jača nakon potpore koju je SDP dao Damiru Kajinu, njegovu dotad najbližem suradniku, u borbi za mjesto istarskog župana.
Kajin ga je optužio da upravlja Istrom poput mafije poručujući mu da Istra neće biti Sicilija ili Kalabrija. Jakovčić potom Kajina izbacuje iz stranke. Kandidirao se 2013. kao nezavisni kandidat na izborima za Europski parlament. Nije uspio.
2011. je s tadašnjom premijerkom Jadrankom Kosor potpisao početak projekta Brijuni Rivijera kojima se bivše vojne lokalitete željelo prenamjeniti u elitne turističke destinacije. Projekt je bio vrijedan oko 2 milijarde kuna.
2012. je zaustavljen odlukom zamjenika ministrice kulture koji je dio tih objekata proglasio kulturnim dobrom čime je onemogućena gradnja.
Najveća afera koja se vezala uz Jakovčića bila je kada je bez natječaja za tridesetak tisuća maraka kupio jedno napušteno selo Sv. Juraj.
Skandal je izbio kada se utvrdilo da su mu kreditne obveze tri puta veće od plaće a nisu jasni izvori iz kojih to podmiruje. Kuću u Poreču gdje je bio suvlasnik (tzv. plava kuća s noninim šufitom) ostavio je bivšoj supruzi Mariji Hrvatin, inače javnoj bilježnici, s kojom ima troje djece.
Hobi mu je golf i sommeilierstvo. 2009. je od Saveza kuhara mediteranskih i europskih regija dobio počasnu titulu Viteza kulinarstva.
O nisam znao da su 80-tih postojali menadžeri, ili je to mozda bilo rezervirano za udbase i bratiju. Otvorio posao u Austriji za 5 dana, WOW, Austrija kao neka velicina a svi su nas sjebali i pokrali sto su doslili iz Austrije, Sanader i kompanija. Ovam Jakovcicu rat je pomogao da se ubaci u politiku i obogati a ljudi koji su ucestovali u ratu i odbrani naravno smetaju