Ja sam odlučio: dođu li po mene, živ im u ruke ne idem, iz moje me kuće mogu iznijeti samo mrtvog, ne ranjenog, mrtvog, kazao je u rujnu 2002. tada 83.-godišnjak povodom prispjeća haaške optužnice koja ga je teretila za Medački džep. Umro je osam mjeseci kasnije u vlastitom domu.
Rođen je 10. siječnja 1919. u mjestu Crnac pored Siska. Otac Ivan, koji je bio obalni radnik, i majka Kata imali su četiri sina. Stariji brat Mijo završio je strojobravarski zanat i radio u rafineriji Shell u Capragu. Bio je sindikalni aktivist i član KPJ od 1935. Drugi brat Mirko (Dragan) radio je u rafineriji Sisak. Janko je gimnaziju završio u Sisku a potom je upisao Veterinarski fakultet u Zagrebu. Članom KPJ postao je 1938.
Mijo i Mirko (Dragan) bili su članovi prvog sisačkog partizanskog odreda osnovanom 22. lipnja 1941. u šumi Žabno pored Siska. 11. srpnja priključio im se i Janko, a kasnije i brat Mato. Ustaše su ubile njegova oca i brata. Matu su zarobili i ubili u lipnju 1942. na Banovini. Mijo je poginuo kao zapovjednik partizanske brigade „Matija Gubec“ u ožujku 1944. u sukobu s ustaškim postrojbom u mjestu Žitomir nedaleko Marije Bistrice. Mirko (Dragan) Bobetko poginuo je 1945. kao politički komesar Zagrebačke divizije Korpusa narodne obrane (KNOJ). U Sisku postoji Osnovna škola „Braća Bobetko“ s bistama trojice braće.
Janko je rat počeo kao šef saniteta 8. banijske brigade a završio kao politički komesar 32. zagorske dvizije. Bio je ranjen tri puta, a najteže početkom 1945. u borbama kod Virovitice. Poslije rata je završio Visoku vojnu akademiju JNA i tečaj operatike Ratne škole JNA nakon čega je stekao čin general majora JNA.
Do 1949. bio je načelnik Političke uprave Ratne mornarice. Od 1953. do 1960. zapovjednik odreda pomorske pješadije Jugoslavenske ratne moranice u Kumboru u Boki. Potom je pomoćnik zapovjednika za pozadinu armijske oblasti a od 1966. do 2. prosinca 1971. načelnik štaba 5. armijske oblasti.
Nakon sloma Hrvatskog proljeća, zbog zauzimanja za hrvatske nacionalne interese, smijenjen je i prisilno umirovljen 1972. Od tada do potkraj osamdesetih nije smio javno istupati.
Na početku Domovinskog rata odbio je ponuđeno mjeso ministra obrane te se uključio u obranu zemlje na Banovini. 10. travnja 1992. predsjednik Tuđman dodjeljuje mu čin generala zbora, nakon čega preuzima zapovjedništvo Južnog bojišta.
Vodio je deblokadu Dubrovnika i akcije u dubrovačkom zaleđu te na hercegovačkom ratištu (oslobođenje doline Neretve i Mostara). Načelnikom Glavnog stožera Hrvatske vojske postao je 20. studenog 1992. Vodio je operacije Maslenica i Medački džep i Bljesak. Te dužnosti je razriješen 15. Srpnja 1995. uoči Oluje. Od 1995. do 1999. bio je zastupnik HDZ-a u Hrvatskom saboru.
1996. je objavio knjigu „Sve moje bitke“, u kojoj je opisao operacije koje je vodio u Domovinskom ratu s vojnim zemljovidima. Na primjedbe da su pritom objavljene i neke vojne tajne napisao je: „Imam čist obraz koji mi dopušta da iza sebe ostavim pisani trag o svemu što sam radio i dovršio kroz svoj više od pet desetljeća dugi vojni i politički život“. Često je otvoreno polemizirao s drugim vojnim zapovjednicima.
Bio je 2000. supotpisnik Otvorenog pisma dvanaestorice hrvatskih ratnih zapovjednika koji su tražili prestanak kriminalizacije Domovinskog rata. Te godine se povukao iz javnog života.
Haaški sud je protiv njega podigao optužnicu 2002. u kojoj ga se po zapovjednoj i individualnoj odgovornosti teretilo za zločine počinjene u akciji Medački džep. Odbio ju je primiti, a to nisu učinili ni njegovi odvjetnici.
Umro je 29. travnja 2003. u svom domu u Zagrebu. Pokopan je na Gradskom groblju u Sisku. Sa suprugom Magdalenom imao je sina Ivana.
Dobitnik je najviših državnih odličja: Reda bana Jelačića, Reda kneza Domagoja s ogrlicom te Velereda kralja Petra Krešimira IV. s lentom i Danicom.
