Rođen je 12. veljače 1940. u mjestu Sovići kod Gruda u zapadnoj Hercegovini, kao peto od osmero djece Stjepana i Ive rođene Bušić.
U Sovićima je završio osnovnu školu. Potom pohađa sjemenište u Zadru ali nakon drugog razreda prelazi u gimnaziju u Širokom Brijegu a maturira u Vinkovcima, prema Ljetopisu župa Gorica i Sovići.
Članom Saveza komunista postaje 1958. Ekonomski fakultet i magisterij završava u Zagrebu. S Ljubom Pejić iz Sovića vjenčao se 1965. Imali su troje djece.
Kraće vrijeme radi u Grudama a zatim prelazi u Imotski. U 26. godini postaje direktor trgovačkog poduzeća Napredak. Pod optužbom za gospodarski kriminal zbog nestanka većih količina šećera proveo je dvije i pol godine u istražnom zatvoru u Splitu. Iz njegovih krugova poslije se tvrdilo da je optužnica bila montirana te da je u zatvor dospio zbog hrvatskog nacionalizma.
Raspad komunizma dočekao je kao šef Predstavništva Tvornice duhana Zagreb za Hercegovinu.
Na prvim višestranačkim izborima 1990. izabran je s liste HDZ-a za zastupnika u Vijeću općina Skupštine BiH. U ožujku 1991. postaje dopredsjednik HDZ-a BiH. Bio je jedan od utemeljitelja i prvi predsjednik Hrvatske zajednice Herceg-Bosne osnovane 18. studenog 1991. u Grudama. Taj izbor i funkcija obilježili su njegov život.
Radi obrane od srpske agresije na BiH osniva Hrvatsko vijeće obrane (HVO) na većinskim hrvatskim područjima u BiH.
Paralelo s tim, Hrvatska stranka prava osniva HOS u Hercegovini kojemu je na čelu bio Blaž Kraljević.
Ubrzo dolazi do napetosti između tih dviju formacija. HVO je tražio da se HOS podvrgne pod njegovu jurisdikciju kao što je djelovao i u Hrvatskoj pod zapovjedništvom HV-a, dok Kraljević priznaje vrhovništvo bošnjačke Armije BiH.
Nakon sastanka u Mostaru 9. kolovoza 1992. koje su predvodili Mate Boban i Blaž Kraljević, na kojem nisu razriješene nesuglasice, Kraljević i njegova pratnja (osam osoba) su na putu prema Ljubuškom gdje im je bilo sjedište, ubijeni na kontrolnom punktu u mjestu Kruševo. Nekoliko tjedana kasnije u Grudama su Mate Boban i novi načelnik postrojbi HOS-a Ante Prkačin postigli sporazum kojim se HOS zapravo rasformirao.
Kao predsjednik HZ Herceg-Bosne sklapa 6. svibnja 1992. sporazum s vođom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem u Grazu. U sporazumu se govori o prestanku sukoba hrvatskih i srpskih snaga na teritoriju BiH te o njihovom teritorijalnom razgraničenju. Taj sporazum je izazvao dosta kontroverzi, iako se on nije poštovao jer su sukobi hrvatskih i srpskih snaga u BiH nastavljeni.
Boban dolazi na čelo HDZ-a BiH u studenom 1992. Na toj funkciji ranije je bio Stjepan Kljuić i kraće vrijeme Miljenko Brkić. Predstavlja hrvatsku stranu u svim razgovorima s međunarodnim predstavnicima oko ustrojstva i buduće sudbine BiH i hrvatske pozicije u njoj.
Pri pokušaju implementacije Vance-Owenog mirovnog plana koji se temeljio na etnički većinskim kantonima dolazi do otvorenog hrvatsko-bošnjačkog rata u BiH. Događaju se zločini s obje strane, međutim, oni koje su počinili Hrvati dobivaju veću medijsku pozornost. Raste pritisak na Hrvatsku da zaustavi taj sukob, a sve glasnije su i kritike, posebice iz dijela Katoličke crkve, na račun Bobanove politike. Optužuju ga da je pokušavao dijeliti BiH, iako je on uporno ponavljao kako želi samo izboriti jednakopravnu poziciju za Hrvate kao što je imaju druga dva naroda.
Sukladno Owen-Stoltenbergovom planu koji je predviđao BiH kao uniju triju republika, Hrvatska zajednica prerasta u kolovozu 1993. u Hrvatsku Republiku Herceg-Bosnu.
„Hrvate jedino zanima jednak odnos prema svima. Mi ne tražimo za sebe ništa posebno. Bosna i Hercegovina je moguća samo kao unija triju republika“, rekao je 15. rujna 1993. godine.
U ožujku 1994. na poticaj Sjedinjenih Država dolazi do obustave hrvatsko-bošnjačkog sukoba i potpisivanja Washingtonskog sporazuma. Institucije Herceg-Bosne uklapaju se u novu Federaciju BiH. Boban odstupa sa svih dužnosti na Trećem općem saboru HDZ-a u Livnu u travnju 1994. kada se zbog pritiska iz međunarodnih krugova povlači iz politike. Na dužnosti čelnika HDZ-a nasljeđuje ga Dario Kordić, dok Krešimir Zubak postaje predsjednik Predsjedničkog vijeća Hrvatske Republike Herceg-Bosne.
Boban prelazi u Zagreb, jedno vrijeme radi u INA-i. Umro je 7. srpnja 1997. u Sovićima, od posljedica moždanog udara dok se u dvorištu obiteljske kuće igrao s unucima. Pokopan je na groblju u Sovićima 9. srpnja.
Njegovo ime često se spominje na suđenjima bosanskohercegovačkim Hrvatima pred Haaškim sudom. Vodeći politički predstavnici Hrvata u BiH obilježavaju dan njegove smrti. Podigli su mu spomenik na groblju gdje je ukopan, ulice u mnogim hercegovačkim mjestima nose njegovo ime a tako je nazvan i skijaški centar na Blidinju.
