Rođen je 15. studenog 1955. u mjestu Ceranje Donje kod Benkovca. Njegov otac Obrad, lokalni veterinar, i majka Manda imali su četvero djece. Nakon osnovne škole najprije odlazi u Zadar a potom u Zagreb gdje završava gimnaziju.
Upisuje studij filozofije i lingvistike na Filozofskom fakultetu u Zagrebu 1974. godine. Bio je marljiv student. Za vrijeme studija radio je razne honorarne poslove. Tako je bio i vozač tramvaja.
Nakon završetka studija ostao je raditi na Filozofskom kao asistent na lingvistici. Doktorirao je filologiju.
Kasnije je kao docent preuzeo novoosnovanu katedru za lingvistiku i orijentalne studije. Danas je šef Katedre za primijenjenu lingvistiku, odsjek Opće lingvistike.
Autor je više knjiga iz područja znanosti o jeziku i predavač na više domaćih i stranih sveučilišta.
U politiku ulazi 1989. kada se angažirao u Udruženju za jugoslavensku demokratsku inicijativu (UJDI). Prije propasti UJDI-a na izborima osniva Ligu socijaldemokrata. Kako ni s tom strankom nije polučio dobre rezultate na izborima, u srpnju 1991. u Lipiku okuplja četrdesetak srpskih intelektualaca i osniva Srpski demokratski forum (SDF). Često istupa u medijima.
Početkom 1991. kritizira odluku Milana Babića o organiziranju referenduma o uspostavi srpske paradržave.
„Referendum je za srpski narod u Hrvatskoj opasan i posve neprihvatljiv čin suicidalnog samodržavlja“, rekao je.
U jesen 1991. na haaškoj konferenciji podržava neovisnost Hrvatske. „Vas su gospodine Pupovac u Haag privele hrvatske vlasti“, bila je reakcija beogradske „Politike“ na takav njegov stav.
U veljači 1992. izjavio je da je u Hrvatskoj „11 tisuća srpske djece pokršteno“. Kardinal Kuharić tada traži da se ta informacija provjeri, Živko Kustić, glavni urednik „Glasa koncila“ ustvrdio je da „nijedan takav slučaj nije zabilježen“.
Na tiskovnoj konferenciji koju je potom organizirao nije potvrdio te svoje optužbe.
Zato je okružni zagrebački tužitelj u svibnju 1992. podigao optužnicu protiv Pupovca zbog širenja lažnih vijesti. Do procesa nikada nije došlo.
Početkom 1995. napušta SDF i osniva Samostalnu srpsku stranku (SSS). Uoči izbora priključuje se Akciji socijaldemokrata Hrvata i s njihove liste ulazi u Sabor.
Poslije je prešao u Samostalnu demokratsku srpsku stranku (SDSS) Vojislava Stanimirovića, gdje je bio potpredsjednik. S njihove liste bio je u više mandata član Sabora. 1997. je u prostorijama „Prosvjete“ osnovao Srpsko narodno vijeće (SNV), kao neku vrstu krovne udruge Srba u Hrvatskoj.
Bolje je odnose imao s HDZ-om nego s lijevim stranka koje su imale vlastite srpske predstavnike. Pupovčev glas bio je presudan 1997. kada se glasovalo o ustavnim promjenama. Zastupnici su ga sat vremena čekali. Kada je ušao i izgovorio „da“, HDZ-ovci su mu dali veliki pljesak. Njegovi protivnici iz oporbe i iz srpskih organizacija prozvali su ga „Tuđmanov Srbin“.
U vrijeme dok je SDP bio na vlasti (od 2000. do 2003.) Pupovac je bio marginaliziran.
No, zato je sa svoja tri saborska mandata bio ključni koalicijski partner HDZ-a u razdoblju od 2003. do 2011. Iz SDSS-a je bio i potpredsjednik Vlade.Druge srpske stranke i organizacije optuživale su ga da je tu poziciju koristio kako bi SNV-u i sebi priskrbio materijalnu korist.
Žestoki sukob u kojem je puno toga isplivalo na površinu dogodio se 2011. između Pupovca i hrvatskog predsjednika Ive Josipovića. Tjednik Novosti koje izdaje Srpsko narodno vijeće objavio je tekst u kome se govorilo o Josipovićevoj ulozi u bogaćenju njegova prijatelja Marka Vojkovića koji je mimo natječaja dobio posao ubiranja naknade za glazbena autorska prava. Pupovac se pravdao novinarskim slobodama.
Josipović je uzvratio žestoko. Pupovca je optužio da je, dok je njegov SDSS bio u vlasti, „za Srbe učinio vrlo malo, za sebe iznimno puno“. Ustvrdio je kako je „reketario“ sve prijašnje koalicijske partnere, da je netransparentno trošio novac namijenjen manjinama. Pupovčevu politiku Josipović je sveo na – etnobiznis optuživši ga i da namjerno potiče sukobe niskog intenziteta kako bi se Srbima nametnuo kao „zaštitnik“.
Kada je predsjednikov savjetnik Siniša Tatalović izišao s prijedlogom da se ukinu zakonske odredbe koje su pri izborima favorizile Pupovčevu stranku, nije mu ostao dužan. „On je primjer onoga za što me predsjednik optužuje, primjer čovjeka koji je na etnobiznisu izgradio svoju sveučilišnu i savjetničku karijeru, nikada ne imajući veze s onima koji bi navodno trebao predstavljati“, rekao je Pupovac aludirajući na činjenicu da je Tatalović dobivao funkcije kao Srbin a da nikad nije morao ići na izbore. Uz to ga je konkretno prozvao da je zaposlio svoju suprugu kao savjetnicu u
Uredu potpredsjednika vlade kojeg je dao SDSS. Na stranu Josipovića u tom sporu stala je i Koalicija udruženih izbjeglica iz Srbije koja je na stajalištu da Pupovac „nije učinio gotovo ništa“ da se riješi njihovi izbjeglički problemi, iako je njegova stranka zadnjih osam godina ili bila na vlasti ili ju je podržavala.
Pupovac s bivšom suprugom ima dvoje djece, Ozrena i Tihanu, koji su oboje diplomirali sociologiju. Ponovno je u braku s novinarkom Slavicom Lukić s kojom živi u kući u zagrebačkoj elitnoj četvrti Gračani.
Mediji su izvještavali o sporu oko probijanja puta do te kuće. Mediji su zabilježili i kako se Pupovčev sin Ozren, nakon završetka poslijediplomskog studija, oženio s Vesnom Pisarović, koja je magistrirala pjevanje. Zastupnik je SDSS-a i u ovom sazivu Sabora.
k..... sin