Rođen je 15. prosinca 1946. u Zagrebu, gdje je završio osnovnu školu i gimnaziju. Studirao je fiziku dvije godine, nakon čega odlazi u Njemačku na studij filozofije. Ponovno se vraća u Zagreb 1968. i upisuje se na Fakultet političkih znanosti. Slijedeće godine postaje glavni urednik Omladinskog tjednika. Nakon četiri mjeseca smijenjen je zbog tobožnje uvrede predsjednika Republike. Prije toga, u gimnaziji je bio isključen iz Saveza socijalističke omladina zbog jednog referata o seksu i kontracepciji. Miko Tripalo ga je poslije vratio u tu organizaciju.
Poslije sloma Hrvatskog proljeća 1971. postaje svjedok optužbe na suđenjima studentskim liderima, Draženu Budiši i Ivanu Zvonimiru Čičku. Diplomirao je 1973. godine kada postaje asistent na Institutu za filozofiju Sveučilišta u Zagrebu a od 1975. predaje filozofiju politike na Filozofskom fakultetu u Zagrebu. Predavao je na brojnim stranim sveučilištima. Prevodio je knjige i studije s engleskog i njemačkog jezika.
U politiku se vraća 1988. kao osnivač i predsjednik Udruženja za jugoslavensku demokratsku inicijativu (UJDI).
Prije rata i početka realizacije velikosrpskog programa, u svojoj knjizi Socijalistička konstrukcija zbilje (Zagreb, 1990.), Puhovski je relativizirao pravo republika na samoodređenje i otcjepljenje od Jugoslavije te se, među ostalim, založio za to da „općine u kojima većina nije za otcjepljenje, ostaju u Jugoslaviji ako su uz njezinu (novu) granicu, a ako nisu uživaju posebna međunarodnopravno podržana jamstva vlastite posebnosti u prijelaznom razdoblju“.
U Hrvatskoj je među intelektualnim i političkim krugovima ova njegova reečnica shvaćena kao podrška srpskim pobunjenicima. Poslije je tvrdio da je ta njegova rečenica istrgnuta iz konteksta.
Nakon što je 2000. srpski nacionalist Vojislav Koštunica pobijedio na srbijanskim predsjedničkim izborima, mediji su objavili da je Puhovski „ponosan na bliskost s Koštunicom“. Od početka rada HHO-a Puhovski je aktivni djelatnik te organizacije. Na njenom čelu bio je od 2000. do 2007. a slijedeće godine istupa iz te udruge zbog razlaza s dugogodišnjim suradnikom Ivom Bancem.
Svjedočio je u postupku protiv hrvatskih generala Ante Gotovine i Mladena Markača pred Haaškim sudom. Prvostupanjsko vijeće tog tijela proglasilo ga je nevjerodostojnim svjedokom iako je tužiteljstvo preko njega tražilo da se kao dokaz uvede knjiga HHO-a o zločinima u Oluji.
Nositelj je posebne nagrade Europskog rektorskog kluba za djelovanje za mir i protiv ksenofobije za 1993. godinu. Objavio je više knjiga. Interes i zajednica (1975.), Kontekst kulture (1979.), Povijest i revolucija (1980.), Um i društvenost (1989, Leksikon temeljnih pojmova politike (1990.), Politics and Economics of Transition (1993.) itd.
Puhovski je bio u braku s Nadeždom Čačinović Puhovski s kojom ima kćer. Danas je česti komentator aktualnih političkih događanja u hrvatskim medijima.
Ustvari sve što je radio -radio je protiv HRVATSKE. židov ko židov