Početkom listopada 1991. istjecao je tromjesečni moratorij na proglašenje hrvatske nezavisnosti na koji je Zagreb pristao zbog pritiska međunarodne zajednice. Kako sukob, usprkos intervenciji Europske zajednice, nije zaustavljen Hrvatska je neopozivo krenula putem nezavisnosti. Već 6. listopada 1991. Sabor je ustanovio posebnu radnu skupinu (na čelu sa Šeksom) koja je trebala izraditi odnosne odluke. No, skupina se nije uspjela sastati u punom sastavu pa je Šeks izradio koncept odluke o proglašenju nezavisnosti i o otporu agresiji na Hrvatsku koji je Tuđman odobrio. Idući dan, 7. listopada 1991., zrakoplovi JNA raketirali su Banske dvore, u uzaludnom pokušaju ubojstva hrvatskog državnog vrha. Na dan napada Šeks se nalazio u zgradi Sabora, u maloj vijećnici, gdje je zasjedao Klub zastupnika HDZ-a. Navečer se, pak, sastalo predsjedništvo Sabora te je odlučeno da će se sjednica, iz sigurnosnih razloga, održati na nekoj tajnoj lokaciji (poslovno središte Ine u Zagrebu).
Povratak iz Slavonije u Zagreb
O spomenutom konceptu se 8. listopada 1991. povela saborska rasprava, nakon čega se Šeks povukao u jednu pokrajnju prostoriju i, na komadu papira istrgnutom iz običnog radnog bloka, ondje izradio prijedloge dvaju dokumenata: Odluke o raskidu državnopravnih sveza s ostalim republikama i pokrajinama SFRJ i Prijedlog zaključka u kojem je stajalo da su Srbija i JNA na Hrvatsku izvršile oružanu agresiju, odnosno kojim se JNA proglašava agresorskom i okupatorskom vojskom. Potom se vratio u dvoranu u kojoj su se nalazili zastupnici i, zbog Domljanova odlaska, preuzeo predsjedanje sjednicom. Odmah je otvorio raspravu o prijedlogu Odluke koji je netom prije načinio. Nakon što je rasprava završena, Šeks je prijedlog Odluke (koja nije doživjela promjene) stavio na glasovanje i ona je jednoglasno usvojena. Potom je pročitao cjelokupni tekst Odluke. Najspominjanija rečenica iz Šeksova izlaganja, ili kako će se često nazivati, "Šeksove rezolucije", odmah će ući u povijest: "Republika Hrvatska, od dana 8. listopada 1991. godine, raskida državnopravne sveze na temelju kojih je zajedno s ostalim republikama i pokrajinama tvorila dosadašnju SFRJ.". Zatim su jednoglasno usvojeni i prije spomenuti zaključci.
Rad na proglašenju nezavisnosti ujedno je označio i trenutak Šeksova povratka u Zagreb, gdje će idućih mjeseci češće boraviti negoli u Osijeku i drugdje u istočnoj Slavoniji. Ponajviše zbog opsežnog rada koji je bio pred Saborom. Tu je Šeks, u svojstvu potpredsjednika Sabora, predsjednika Zakonodavno-pravne komisije, ali i neformalnog šefa saborske većine, koordinirao radom na čitavom nizu zakonskih rješenja od kojih se ona o položaju i pravima etničkih i manjinskih zajednica te o izbornom sustavu izdvajaju svojom važnošću. Kombinirani izborni sustav usvojen je glasovima HDZ-ove većine u Saboru, odnosno kao izraz političke volje vladajuće stranke i, usprkos kritikama iz oporbe, ispostavilo se da je u dobroj mjeri pridonio predstavničkoj konsolidaciji u Hrvatskoj. Šeks se, primjerice, uspješno suprotstavio težnjama da se broj potpisa podrške za predsjedničke izbore smanji ispod 10.000 jer, u suprotnom, kako je slikovito rekao na sjednici predsjedništva HDZ-a u ožujku 1992., "onda će biti pedeset i sto kandidata, onda će biti krambergeri raznorazni, krampusi, paracelzusi i ostali i to bi onda bilo neozbiljno i stvarao bi se karneval i cirkus". U donošenju novog izbornog zakonodavstva Šeks je imao ulogu glavnog pravnog stručnjaka vladajuće stranke, ali i čovjeka čija je zadaća bila provedba volje HDZ-a.
Nešto ranije, u drugoj polovici siječnja 1992., Šeks je s očitim zadovoljstvom izradio posebnu Deklaraciju o osudi postupka i presude kardinalu dr. Alojziju Stepincu, isprva zamišljenu kao poseban zakon. Kad mu je Domljan povjerio tu zadaću (izradu i podnošenje prijedloga), popratio ju je karakterističnim vicem: "Jakov Blažević mi je rekao da je isto jako zainteresiran. Ja bih predložio da ga se pozove. S prijedlogom da on podnese ovaj prijedlog zakona.". Nekoliko mjeseci kasnije, vic mu se vratio poput bumeranga.
Nijedan četnik u zatvoru
Zašto je Vladimir Šeks u proljeće 1992. postao javni tužitelj Republike Hrvatske? Čini se da je najbolji odgovor dao drugi visoki dužnosnik HDZ-a i kasniji Šeksov suparnik Stjepan Mesić. Tako će Mesić u ožujku 1992. izjaviti: "Zašto je otišao Šeks? Pa sjećate se onih nesporazuma u Saboru, zašto Šeks odlazi, zato što moraju tužilaštva funkcionirati za ono što tražimo od tužilaštva. Mi nemamo nijednog četnika na izdržavanju kazne, još nije pravomoćna nijedna kazna. Moramo osposobiti ta tužilaštva da rade i da budu u funkciji ove naše države koju smo formirali.". Percepciju prema kojoj se činilo da se prevelika pažnja pridaje kupnji naklonosti krajinskih Srba trebalo je, dakle, amortizirati postupkom koji bi pokazao kako se (barem domaći) krivci za rat u Hrvatskoj neće izvući nekažnjeno. Ipak, čini se da politički motiv nije bio najvažniji: spomenute Mesićeve riječi u prvom redu svjedoče kako je u državnom vrhu vladalo nezadovoljstvo djelovanjem javnog tužiteljstva dotadašnjom politikom progona počinitelja povreda ratnog i humanitarnog prava.
Jednako tako, nije bilo nimalo slučajno što je Mesić spomenutu tvrdnju izrekao na zajedničkoj sjednici predstavnika općinskih odbora i saborskih zastupnika HDZ-a. Naime, pokazalo se da saborska većina nije sklona Šeksovu odlasku iz parlamenta. Sve je kulminiralo na sjednici Društveno-političkog vijeća Sabora održanoj krajem ožujka 1992. kada su zastupnici HDZ-a spriječili da se točka o razrješenju Olujića i imenovanju Šeksa uopće stavi na dnevni red. Zastupnica Marija Bajt zatražila je posebnu sjednicu Kluba zastupnika, a zastupnik Stjepan Sulimanac otvoreno se suprotstavio odluci stranačkog vrha: "U ovom delikatnom vremenu Sabor se ne bi trebao odreći svoga potpredsjednika, a za funkciju javnog tužitelja ima i drugih dobrih pravnika". Mediji su očekivano brujali o novom suprotstavljanju saborske većine Uredu Predsjednika, a na površinu su izvlačeni i prijašnji nesporazumi između Tuđmana i Šeksa. Rijetki su pogađali u bit stvari. Šeks se do tada već uvelike afirmirao kao neprikosnoveni vođa HDZ-ove većine pa su zastupnici, očekivano, odbijali izgubiti čovjeka koji im je toliko značio. Ni sam Šeks nije bio oduševljen mjestom javnog tužitelja, vjerojatno svjestan opsega posla koji ga je čekao. Kasnije je izjavio da je "upao u bunar iz kojega bi i sam htio što prije izaći", ali nije bilo druge: Tuđmanova je, kao i toliko puta do tada, morala biti zadnja. Početkom travnja 1992. stranački suradnici počeli su ga u šali zvati "Jakove", aludirajući na nekadašnjeg tužitelja iz vremena komunizma, Jakova Blaževića. Šeks je s dužnosti potpredsjednika Sabora razriješen 9. travnja 1992., a šest dana kasnije, 15. travnja 1992., postao je drugi javni tužitelj Republike Hrvatske.
Obračun s novinarima
Šeks je dužnost javnog tužitelja obavljao relativno kratko, ukupno četiri mjeseca. Odmah je nastupio odlučno. U prvom većem intervjuu koji je dao okomio se na inertnost cjelokupnog sustava koji je zakazao u privođenju onih koji su, prema njegovu viđenju, već odavno trebali biti privedeni. "Ratni su zločinci morali biti dovedeni pred sud", izjavio je početkom svibnja 1992., "neovisno o tome jesu li trenutačno dostupni ili ne. Da, dovoljno je svjedoka i dovoljno dokaza.". Također, najavio je oštrije mjere protiv djelatnika policije i tužiteljstava koji ne budu "nastupali najrigoroznije protiv onih koji su ustali na Hrvatsku", kao i ponovno propitivanje svih dotadašnjih odbačenih prijava, odnosno obustavljenih sudskih postupaka. Zaista, dva tjedna nakon preuzimanja dužnosti, situacija u vezi s kaznenim progonom počinitelja zločina protiv čovječnosti i međunarodnog prava nije bila sjajna. Od 250 prijava, samo njih 20 pretočeno je u optužbu. Šeks je riječi brzo pretvorio u djela. Najprije je uveo pravilo prema kojem bez njegove osobne suglasnosti nijedan javni ili vojni tužitelj nije smio ni za jednog optuženog predložiti ukidanje pritvora ili dati suglasnost za njegovo ukidanje. Uslijedio je opsežniji rad na izradi kriminalno-političkih kriterija progona za krivična djela ugrožavanja teritorijalne ukupnosti, oružane pobune, službe u neprijateljskoj vojsci i povreda protiv čovječnosti i međunarodnog prava. U posebnim smjernicama za rad okružnih, općinskih i vojnih tužiteljstava, proslijeđenim iz ureda javnog tužitelja sredinom lipnja 1992., kao najvažnije oblasti djelovanja istaknuta su krivična djela protiv Republike Hrvatske, protiv čovječnosti i međunarodnog prava, delikti nasilja, gospodarski kriminalitet i ratno profiterstvo.
Iako je Šeks posao javnog tužitelja obavljao samo nekoliko mjeseci, nekoliko epizoda iz tog razdoblja uvijek će ga pratiti. Na prvom mjestu radi se o poduzimanju istražnih radnji i optužnih akata protiv nekoliko novinara i političara koje su, po njegovu nalogu, podignuli okružni i općinski tužitelji. Tako je, primjerice, urednik Globusa Denis Kuljiš optužen zbog članka pod nazivom "Hrvatska priznala SAO Krajinu", novinari Feral Tribunea zbog objave satirične fotomontaže koja je povezivala Tuđmana s Hitlerom i Staljinom, Jelena Lovrić zbog tvrdnje o navodnoj nezakonitoj zaradi ministra Zdravka Mršića, Tanja Torbarina zbog teksta u kojem je povezala nezakonito pravaško prisvajanje Starčevićeva doma u Zagrebu s Tuđmanovim boravkom u Vili Zagorje, a čelnik Srpskog demokratskog foruma Milorad Pupovac zbog strašne i, kako će se kasnije pokazati, neistinite izjave o pokrštenju desetak tisuća srpske djece u Hrvatskoj. Prema optužno-istražnim aktima, oni su ili bili prenositelji lažnih vijesti ili su oklevetali predsjednika Republike i Hrvatsku. Šeks je inzistirao da se radi o dosljednoj primjeni zakona i da se ne može govoriti o nekim drugim motivima. Spomenuti novinari su, kako je obrazlagao svoje postupke u medijima, podjednako prekršili i novinarski kodeks i počinili krivično djelo, odnosno "optužnica je podnesena protiv novinara pojedinaca, koji takva krivična djela sustavno čine već dulje vrijeme. A sad su prevršili svaku moguću mjeru. Ako postoji sloboda govora i mišljenja, onda mora postojati i odgovornost.". Zaista, neki napisi zbog kojih je Šeks reagirao, primjerice Kuljišev koji je bio popraćen i podnaslovom u kojemu je stajalo da Vlada posjeduje i dokument o priznanju SAO Krajine, ali ga drži u tajnosti, mogu se uvrstiti među opasnije, posebice ima li se na umu ratni kontekst. Ipak, iako sve slučajeve treba gledati izdvojeno – jer, sasvim sigurno, istu težinu nemaju duhovita zafrkancija o vili koju je koristio Tuđman (Torbarina) i tvrdnja da je neki ministar ukrao pet milijuna dolara (Lovrić) – pa se pokretanje postupaka mora ocijeniti teškom Šeksovom političkom pogreškom. Pogreška je odmah postala evidentna jer su ubrzo uslijedile brojne domaće i međunarodne reakcije koje su se svodile na tvrdnju, kojoj nije nedostajalo ironije, da se u Hrvatskoj ponovno uvodi verbalni delikt, protiv kojeg se javni tužitelj tako ustrajno borio prije demokratskih promjena. Ako se pretpostavi da je Šeksova prva namjera bila spriječiti neodgovorno pisanje nekih novinara, onda se može zaključiti da je postigao upravo suprotno: njegove tužbe brzo su se prometnule u neku vrstu promidžbe o ograničenju javne riječi u Hrvatskoj. Prema svemu sudeći, u većini slučajeva Šeks jednostavno nije uspio odoljeti iskušenju, odnosno nije uspio realno odvagnuti važnost svih čimbenika koji su utjecali na donošenje odluke o pokretanju postupaka. Poistovjećivanje HDZ-a i Tuđmana s državom uvjetovalo je Šeksovu težnju da ih nepotrebno zaštiti od razornih kritika, Tuđmanova nesposobnost da prihvati žaoke koje mu je upućivao Feral Tribune navelo ga je da putem zakonskih mjera čuva predsjednički ugled (iako na Tuđmanov zahtjev), a raniji nesređeni odnosi s nesklonim novinarima (što je potjecalo još iz razdoblja komunizma) da se upusti u neku vrstu osobne vendete. Iz svega je proistekla neracionalna odluka, što je ubrzo i sam uvidio, pa je već početkom lipnja 1992. predložio izmjene odnosnih članaka Krivičnog zakona.
Dvadeset godina špekulacija
Šeksova uloga u vezi sa sudskim procesom ubojicama zagrebačke obitelji Zec također izaziva brojne reakcije koje nisu rijetke ni danas, više od dvadeset godina od samog zločina. One se uglavnom svode na optužbu da je Šeks, potaknut motivima političke prirode, ishodio puštanje ubojica na slobodu, odnosno da je počinio težak proceduralni propust propustivši pravodobno uložiti žalbu na presudu. Kad je postao javni tužitelj, Šeks je slučaj dobio u uznapredovaloj fazi, a posebno je važno naglasiti da se još potkraj 1991. dogodilo ono što će u biti i prouzrokovati kasnije komplikacije. Naime, istražna sutkinja Jolanka Eleonora Nemeth obavila je prvo ispitivanje osumnjičenih, pri čemu su neki od njih priznali zlodjelo, ali bez nazočnosti odvjetnika, čime su priznanja postala pravno nevaljalima. Jednako tako, ostaje nejasno zbog čega Šeksov zamjenik Tihomir Rubeša nije službeno tome prigovorio (u sudskom zapisniku nema takvog upisa), iako je konačna odluka bila u rukama sutkinje Nemeth. Stoga su se osumnjičenici na idućem saslušavanju, pred sucem Božidarom Jovanovićem i sada u nazočnosti odvjetnika, branili šutnjom, temeljem čega su osigurali kasnije donošenje oslobađajuće presude. Prema tumačenju Vrhovnog suda, a s obzirom na kvalifikaciju krivičnog djela koje su počinili (kvalificirano ubojstvo za što se mogla izreći kazna zatvora u trajanju od 20 godina), već na prvom ispitivanju morali su imati odvjetnika; da su osumnjičeni za obično ubojstvo, nazočnost branitelja ne bi bila obvezna. Rubeša je, na Šeksovu inicijativu, zatražio prekvalifikaciju krivičnog djela kako bi spasio optužnicu (iz kvalificiranog u obično ubojstvo što je trebalo dovesti do povratka zapisnika o priznanju u slučaj, a time i do vjerojatne osuđujuće presude), što je sudsko vijeće samo djelomično usvojilo prihvativši prekvalifikaciju, ali ne i njezinu pravnu posljedicu.
Oslobađajuća presuda donesena je 9. srpnja 1992., pisani otpravak dostavljen je zagrebačkom okružnom tužiteljstvu početkom studenoga iste godine, a kako ono nije podnijelo žalbu u propisanom roku presuda je postala pravomoćnom potkraj istog mjeseca. Stoga kasnije optužbe o Šeksovu proceduralnom propustu jednostavno ne odgovaraju istini: žalbu na presudu nije mogao podnijeti jer se u trenutku u kojem ju je okružno tužiteljstvo primilo već treći mjesec nalazio na mjestu potpredsjednika Vlade.
>> Šeks optužen za pokušaj državnog udara i rušenje Tuđmana
>> Tito optužuje: Što to tamo u Slavoniji radi taj tužilac Šeks!?
>> Izašao iz Stare Gradiške i postao državni neprijatelj No. 1
otac krivosuđa pogodno za lopuže