Hrvatski znanstvenici ostvarili su još jedan veliki uspjeh. U časopisu Nature Communications objavljen je rad mag. ing. Ivana Sovića iz Instituta Ruđer Bošković te izv. prof. dr. sc. Mile Šikića s Fakulteta elektrotehnike i računarstva u Zagrebu koji opisuje novu, bržu i visokoosjetljivu metodu za analizu podataka dobivenih sekvenciranjem DNK uz pomoć tehnologije nanopora.
Da podsjetimo. Sekvenciranje DNK je proces određivanja točnog poretka nukleotida u molekuli DNK. Pojavom metoda sekvenciranja DNK ubrzana su biološka i medicinska istraživanja i otkrića. Područje analiza DNK razvija se izuzetno brzo zahvaljujući dostupnosti novih tehnologija sekvenciranja. Moguće su primjene u raznim područjima, od praćenja i dijagnostike bolesti, poboljšanja uzgoja usjeva do sekvenciranja ljudskog DNK u svrhu određivanja terapija posebno prilagođenih pojedinoj osobi. Hrvatski su znanstvenici osmislili metodu koja se zove GraphMap.
Ona se primjenjuje na podacima dobivenim uređajem MinION. Njome se omogućuje preciznije poravnanje genoma iz podataka dobivenih tim uređajem u slučaju kada je referentni genom poznat. Sam MinION ili nanopor uređaj je za sekvenciranje genoma treće generacije. Veličine je mobitela te je, kada se pojavio prošle godine, bio prava revolucija u tim istraživanjima. Razvila ga je tvrtka Oxford Nanopore Technologies (ONT), stoji oko tisuću dolara i spaja se na obično računalo pomoću USB 3.0 priključka. Do pojave takvih uređaja sekvenciranje DNK obavljalo se na skupim i glomaznim uređajima. No, iako MiniION generira duga očitanja, to čini uz vrlo veliku pogrešku. Ovdje se pojavljuje metoda koju su, uza znanstvenike iz Instituta za istraživanje genoma iz Singapura, razvila dvojica hrvatskih znanstvenika.
– Uređaji druge generacije imali su samo do dva posto pogrešnih podataka. Kod novih uređaja taj je broj iznad 10%, a kod ovakvih uređaja ta je pogreška bila i do 35% – kaže Ivan Sović, koji je doktorand u Centru za informatiku i računarstvo Instituta Ruđer Bošković. Kako nam je Sović objasnio, uskoro će se primjenom GraphMapa na podacima generiranim MinION uređajima praktično za samo nekoliko sati moći otkriti koja bakterija je uzrokovala određenu upalu, što će omogućiti odabir najboljeg antibiotika za suzbijanje upale ukoliko je poznata rezistentnost te bakterije na pojedine antibiotike. Brze pripreme uzoraka za sekvenciranje i dalje unose veću pogrešku u sekvenciranim podacima, a visoka osjetljivost GraphMap metode poravnanja greškovitih DNA sekvenci omogućit će pouzdanije pretraživanje baze poznatih bakterija i patogena.
