Rođen je 20. srpnja 1947. u Gornjem Kozarcu nedaleko Gvozda. Otac Dragan i majka Evica bavili su se poljoprivredom. Mile je bio drugo od petero djece. Nakon osnovne škole otišao je u Borovo gdje je pohađao srednju školu. U tu školu je išla i Vesna Bosanac, poslije ravnateljica vukovarske bolnice u vrijeme srpskih napada na grad 1991. Godine. Završio je Vojnu akademiju bivše JNA u Beogradu.
Brzo napreduje. 1990. godine dogurao je do čina pukovnika i zapovjednika Prve motorizirane gardijske brigade JNA, udarne snage bivše JNA, koja je nakon početnih neuspjeha srpskih snaga poslana iz Beograda na Vukovar. Tijekom tromjesečne opsade tog hrvatskog grada postavljen je za zapovjednika Operativne zone Jug. Pod nadzorom je imao sve srpske postrojbe koje su opsjedale Vukovar: JNA, Teritorijalnu obranu i srpske paravojne jedinice. Zbog „zasluga“ pri okupaciji Vukovara Mrkšić biva odlikovan u Beogradu i dobiva čin generala.
U svibnju 1995. Mrkšić postaje zapovjednikom vojske „Republike Srpske Krajine“. Utvrđuje položaje u sjevernom sektoru. Prvog dana Oluje 4. kolovoza 1995. zajedno s Martićem u Kninu potpisuje zapovijed o evakuaciji srpskog stanovništva. Mrkšić tvrdi da su prvotni planovi bili da se civili premjeste u Srb, a ne da odu za BiH i Srbiju. Martić je zvao Miloševića, ali nije mogao doći do njega. „Dobili smo načelnu poruku, samo vi izdržite, nešto će se riješiti“, prepričao je kasnije Mrkšić.
Nakon vojnog sloma srpske paradržave, krenule su priče kako je pripremio „pad tzv. Krajine“. On sam ih drži naknadnom pameću i željom da se pronađe krivac za vojni poraz. Svjedočio je da nakon Oluje nije smio ući u Srbiju. Kada se ipak usudio prijeći Drinu, umirovili su ga u dobi od 47. Godina. Radio je na tržnici.
Haaški sud optužio ga je zajedno s Veselinom Šljivančaninom, Miroslavom Radićem i Slavkom Dokmanovićem. Na sudu je svjedočila i ravnateljica vukovarske bolnice dr. Vesna Bosanac. Osuđen je na 20 godina zatvora 21. rujna 2007. zbog sudjelovanja i poticanja na ubojstva, zlostavljanja i okrutnog postupanja sa zarobljenicima, kao i zbog stavljanja zarobljenika u nehumane uvjete u hangaru na Ovčari između 20. i 21 studenog 1991. Presudu je 5. svibnja 2009. potvrdilo Žalbeno vijeće Haaškog suda.
Sud je utvrdio da je 20. studenog 1991. godine, nakon pada Vukovara u ruke JNA i srpskih paravojnih formacija, JNA iz bolnice u Vukovaru u autobuse stavila 260 'nesrba' te ih je prvo prebacila u barake JNA i potom na svinjogojsku farmu Ovčara gdje su ih tukli nekoliko sati. Te večeri je Mrkšić povukao snage JNA s Ovčare te je zarobljenike ostavio "na milost" pripadnicima Teritorijalne obrane i paravojske koja je tada ubila i pokopala najmanje 194 osobe u masovnoj grobnici na Ovčari.
Iz zatvora je ponovno dolazio u Haag na poziv obrane hrvatskog generala Ante Gotovine. Tada je posvjedočio kako je „prvi vatreni udar“ hrvatskog topništva na početku Oluje bio po glavnom stožeru vojske tzv. RSK. Tvrdi kako je spriječio Martića da tada ponovno orkanima granatira Zagreb jer je to smatrao činom „odmazde i kukavičluka“. Priznao je kako je zapovijedi primao od Martića a na pitanje od koga je on primao naredbe rekao je kako su „postojali opći ciljevi koje je nametnuo predsjednik Slobodan Milošević koji je imao autoritet nad svim srpskim teritorijima“.
Još tijekom procesa Haaški sud je procjenjujući njegovu imovinu zatražio da dio troškova plati sam. Tako su naveli da ima dva stana u Beogradu, garažu i jedno vozilo, dok on i njegova supruga imaju mirovine. Zatvorsku kaznu Mrkšić služi u Portugalu.
Lijepo od njega što je crko.